工商银行逾期90天以上，一般情况下不能直接只还本金，但存在协商空间，具体分以下两种情况说明：
从银行常规的贷款及信用卡还款规则来看，逾期90天以上意味着借款人已经严重违反了与银行签订的借款合同或信用卡领用合约。在这种情况下，银行有权按照合同约定要求借款人偿还全部欠款，包括本金、利息、罚息以及可能产生的违约金等费用。银行不会主动允许借款人仅偿还本金，因为利息、罚息等是银行因借款人逾期而遭受损失的补偿，也是合同中明确规定的。
尽管银行有上述常规规则，但在实际操作中，如果借款人确实因特殊原因（如突发重大疾病、失业等）导致经济困难，无法一次性偿还全部欠款，可以尝试与工商银行进行协商。在协商过程中，借款人需要向银行充分说明自己的实际情况，提供相关证明材料，并表达出积极的还款意愿。如果银行认为借款人的情况属实，且有一定的还款能力，可能会考虑与借款人达成协商还款协议，例如减免部分利息、罚息，或者允许借款人分期偿还本金等。但这种协商结果并不是必然的，银行会根据借款人的具体情况和自身的风险控制政策来决定。