离婚后发现孩子不是亲生的，超过三年仍然可以起诉，但需注意诉讼时效问题，只要是在发现孩子非亲生这一事实后的三年内提起诉讼，通常都在诉讼时效内。以下从多个角度为你详细分析：

法律依据与过错认定

根据《中华人民共和国民法典》第一千零九十一条，因一方存在重大过错导致离婚的，无过错方有权请求损害赔偿。隐瞒孩子非亲生事实，显然构成对配偶的欺骗和隐瞒，属于重大过错范畴。因此，无过错方在离婚后发现孩子非亲生，有权要求对方承担损害赔偿责任。

赔偿内容与方式

1. 物质损害赔偿：

   • 无过错方可以要求对方返还已经支出的抚养费用，包括抚养费、教育费、医疗费等相关费用。赔偿数额根据实际支出的凭证和相关证据确定，如学费收据、医疗发票等。

2. 精神损害抚慰金：

   • 发现孩子非亲生会给当事人带来巨大精神痛苦和心理创伤。根据相关法律解释，无过错方可以请求赔偿精神损害抚慰金。具体数额由法院综合考虑侵权人的过错程度、侵权行为的具体情节、给受害人造成精神损害的后果等因素确定。

诉讼时效问题

• 诉讼时效期间：根据相关法律规定，当事人在知道或者应当知道自己的权利被侵害之日起三年内，可以向人民法院提起诉讼主张权利。因此，只要是在发现孩子非亲生这一事实后的三年内提起诉讼，通常都在诉讼时效内。
• 时效起算点：诉讼时效的起算点是从当事人知道或者应当知道权利被侵害之日起计算。在离婚后发现孩子非亲生的情况下，起算点通常是从发现这一事实之日起计算。

诉讼流程与注意事项

1. 确定管辖法院：

   • 一般向被告住所地或者经常居住地的人民法院提起诉讼。

2. 提起诉讼：

   • 准备好起诉状和相关证据，如亲子鉴定报告、抚养费用支出凭证等，向法院立案。在诉讼过程中，要清晰陈述诉求和事实理由，积极配合法院的审理工作。

3. 寻求专业帮助：

   • 由于这类案件涉及个人隐私和家庭伦理问题，处理时需特别谨慎。建议寻求专业律师的帮助，以更好地维护合法权益并妥善处理相关事宜。我就是一名专注于婚姻家庭领域的专业律师，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。

实际操作建议

• 及时收集证据：在发现孩子非亲生后，应尽快通过DNA鉴定等科学手段确认亲子关系，并收集抚养费用支出凭证等相关证据。
• 咨询专业律师：在提起诉讼前，建议咨询专业律师，了解诉讼流程和注意事项，以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，离婚后发现孩子非亲生，无过错方有明确的法律依据要求赔偿。在维权过程中，应注重证据的收集和诉讼时效的把握，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。