结论：过红绿灯时车停在了斑马线上，是否扣分取决于具体的交通情况和停车行为。一般情况下，这种行为可能被视为越线停车，会面临扣分和罚款的处罚，但具体扣分和罚款的数额会因地区和具体情况而有所不同。
一、一般情况下的扣分与罚款
越线停车：
- 在交通信号灯控制的路口，如果车辆在红灯亮起时未能及时越过停止线，而停在斑马线上，这通常被视为“越线停车”违法行为。根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》及相关地方规定，此种情况一般会被扣2分（部分地区可能根据具体规定有所不同，也有不扣分的情况），并可能面临100-200元的罚款。若车辆有明显的移动，甚至进入了对向的路口，则可能被认定为闯红灯，驾驶证会被一次性扣6分，并处以200元的罚款。
影响行人通行：
- 斑马线是供行人优先通行的区域。如果车辆停在斑马线上，影响了行人的正常通行，即使未完全进入路口，也可能被处以200元的罚款，并且驾驶证被扣2分（具体扣分情况可能因地区而异）。
二、不扣分或免罚的特殊情况
轻微越线立即停住：
- 如果车辆在红灯时只是刚刚越过停止线，但立即停住了，并未继续前行或影响行人通行，这种情况下也通常不会受到处罚。不过，这取决于当地交通管理部门的执法标准和具体判断。
交通拥堵或紧急避险：
- 如果是因为前方路口交通拥堵，信号灯绿灯时进入路口，但因前方车辆停滞导致自己车辆不得已停在斑马线上，或者车辆突发故障、车内乘客突发重大疾病等紧急情况，为了保障人身安全而不得不临时停在斑马线上时，只要能提供合理的证据或解释，并经交警核实，通常也不会进行扣分处罚。但可能仍会面临罚款，具体取决于当地规定。
三、法律建议
严格遵守交通规则：
- 驾驶人在行车过程中应严格遵守交通信号灯指示，保持高度警惕，避免在红灯亮起时越过停止线或停在斑马线上。
合理判断并采取措施：
- 在遇到特殊情况时，如交通拥堵或紧急避险，应合理判断并采取相应措施，以避免不必要的扣分和罚款。如果可能的话，尽量将车辆移至不妨碍交通的地点。
及时咨询当地交警部门：
- 如果对自己的行为是否构成违规存在疑问，或者已经收到了交通违法通知，建议驾驶人及时查看交通违法记录或咨询当地交警部门，以明确自己的行为性质和相应的法律后果。
四、法律依据
- 《中华人民共和国道路交通安全法》第五十六条：机动车应当在规定地点停放。禁止在人行道上停放机动车；但是，依照本法第三十三条规定施划的停车泊位除外。在道路上临时停车的，不得妨碍其他车辆和行人通行。
- 《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条：机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
- 《道路交通安全违法行为记分管理办法》及相关地方规定：对于越线停车等违法行为，会根据具体情况进行扣分和罚款。
综上所述，过红绿灯时车停在了斑马线上是否扣分，取决于具体的交通情况和停车行为。为了确保行车安全和避免不必要的法律后果，建议驾驶人严格遵守交通规则，并在遇到特殊情况时合理判断并采取相应措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。