公司贷款由股东代偿的合法性需根据具体情况判断，在符合相关法律法规和公司章程的前提下，股东代偿公司贷款是合法的；反之，则可能构成违法行为。以下从不同角度进行分析：

一、合法代偿的情形及依据

1. 履行合法程序

   • 情形描述：如果公司章程中明确允许股东代偿公司贷款，并且代偿行为经过了公司股东会、董事会等内部决策程序的同意，同时代偿的金额、用途、期限等内容都有明确约定并符合法律和章程规定，那么这种代偿通常是合法有效的。
   • 法律依据：《中华人民共和国公司法》第十一条规定，公司章程对公司、股东等具有约束力。只要公司章程对股东代偿事项有规定且代偿行为遵循了该规定，就具有一定的合法性基础。

2. 基于真实意思表示的代偿

   • 情形描述：股东出于自愿，基于真实的意思表示，愿意为公司贷款承担代偿责任，且该代偿行为不损害公司、其他股东以及债权人的利益。
   • 法律依据：《中华人民共和国民法典》规定，民事主体依法行使民事权利，不受干涉。依法成立的合同受法律保护。股东与公司之间如果就代偿事宜达成了合法有效的协议，双方的权利义务将受到法律保护。

3. 代偿协议明确合法

   • 要点：代偿协议或合同必须明确、合法，包括代偿金额、期限、方式等关键条款，且不得违反国家关于金融借贷的强制性规定。
   • 法律依据：虽然直接针对股东代偿的法律法规可能较少，但代偿行为本质上属于一种民事法律行为，应遵循《中华人民共和国民法典》中关于合同订立、履行等的相关规定。

二、不合法代偿的情形及依据

1. 损害公司利益

   • 情形描述：若股东代偿行为没有经过正当程序，代偿金额巨大且长期不向公司追偿（若约定有追偿权），或者代偿行为导致公司资金链断裂，严重影响公司的正常经营和其他股东的利益。
   • 法律依据：《中华人民共和国公司法》第二十条规定，股东不得滥用股东权利损害公司或其他股东的利益。否则，应依法承担赔偿责任。

2. 非法用途或目的

   • 情形描述：代偿资金用于非法活动，如洗钱、赌博等，或者代偿行为本身是为了掩盖其他非法目的。
   • 法律依据：相关法律法规明确禁止将资金用于非法活动，否则将承担法律责任。同时，如果代偿行为本身是为了掩盖非法目的，如逃避债务、转移资产等，也将被视为不合法。

3. 违反公司章程或法律法规

   • 情形描述：公司章程明确禁止股东代偿公司贷款，或者代偿行为违反了国家关于金融借贷、公司治理等方面的法律法规。
   • 法律依据：直接违反公司章程或法律法规的代偿行为，显然是不合法的，并可能面临相应的法律责任。

三、注意事项与建议

1. 确保合法合规：股东在代偿公司贷款时，应确保代偿行为符合相关法律法规和公司章程的规定，避免损害公司、其他股东以及债权人的利益。
2. 签订正式协议：代偿行为应签订正式的协议或合同，明确各项关键条款，如代偿金额、期限、方式、追偿权等，以保障双方的权益。
3. 及时披露信息：对于上市公司而言，股东代偿公司贷款等重大事项应及时进行信息披露，以确保市场的公平性和透明度。

综上所述，公司贷款由股东代偿的合法性需根据具体情况判断。在遵守相关法律法规和公司章程的前提下，股东可以合法代偿公司贷款。然而，任何违反法律法规或公司章程的代偿行为都将被视为不合法，并可能面临相应的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。