针对犯罪分子非法集资款通过投资流入案外人手，该款项应由法院追缴还是由个人起诉的问题，结论如下：
一般情况下，应由法院追缴
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。在非法集资案件中，犯罪分子通过非法手段获取的集资款属于违法所得，应当由法院在刑事诉讼过程中进行追缴。
- 追缴程序：在刑事诉讼中，法院会依法对犯罪分子的财产进行查封、扣押、冻结等措施，并最终通过拍卖、变卖等方式将违法所得追缴归国库或返还给被害人。如果案外人手中的款项确实属于非法集资款的一部分，且案外人并非善意取得，那么法院有权追缴这部分款项。
特殊情况下，个人（被害人）可考虑通过民事诉讼途径追偿
- 适用情形：如果案外人手中的款项虽然来源于非法集资，但案外人通过合法手段（如善意取得）获得了该款项，且法院在刑事诉讼中未能成功追缴，那么被害人可能无法直接通过刑事诉讼程序追回损失。在这种情况下，被害人可以考虑通过民事诉讼途径，如提起侵权之诉或不当得利之诉，要求案外人返还相关款项。
- 注意事项：然而，这种民事诉讼途径并非首选，且存在诸多限制。首先，被害人需要证明案外人手中的款项确实属于其合法财产的一部分，且案外人并非善意取得。其次，即使被害人能够证明这一点，如果案外人已经将款项用于消费或投资且无法返还，被害人也可能面临无法追回全部损失的风险。因此，在考虑民事诉讼途径时，被害人需要谨慎评估风险和成本。
实际操作中的建议
- 及时报案：如果被害人发现犯罪分子通过非法集资手段获取了其财产，并怀疑部分款项已经流入案外人手中，应立即向公安机关报案，并提供相关证据材料。
- 配合调查：在刑事诉讼过程中，被害人应积极配合公安机关和法院的调查工作，提供必要的协助和证据材料，以便法院能够准确认定犯罪事实和追缴违法所得。
- 咨询专业律师：由于非法集资案件涉及复杂的法律关系和证据认定问题，被害人可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。律师可以根据案件具体情况为被害人提供针对性的法律策略和解决方案。
总结来说，在犯罪分子非法集资款通过投资流入案外人手的情况下，一般情况下应由法院在刑事诉讼过程中进行追缴。如果案外人通过合法手段获得了该款项且法院未能成功追缴，被害人可以考虑通过民事诉讼途径追偿，但需谨慎评估风险和成本。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。