结论概述：根据新闻背景，索通发展终止1000万元股权投资基金投资并退出份额，其份额转让程序在形式上符合一般法律程序要求，但具体是否合法合规，还需结合合伙协议约定、减资及转让程序细节、信息披露合规性等多方面因素综合判断。以下从多个维度进行详细分析：
一、合伙协议约定与程序合法性
合伙协议约定：
- 合伙企业（斐昱歆琰）的设立、运营、减资及份额转让等事项，通常会在合伙协议中明确约定。索通发展作为有限合伙人，其退出份额转让的程序需严格遵循合伙协议的相关规定。
- 若合伙协议中明确规定了减资及份额转让的程序、条件、审批权限等，且索通发展的减资及份额转让行为符合这些规定，则程序上具备合法性基础。
程序合法性：
- 根据新闻背景，斐昱歆琰合伙人会议同意减资，并将索通发展的出资额由1000万元减至15.885万元。这一行为需确保符合《合伙企业法》及合伙协议中关于减资的规定，包括但不限于减资的决议程序、通知债权人、公告等。
- 索通发展将持有的斐昱歆琰4.5975%份额转让给陈晓军，转让价款15.885万元。这一转让行为需确保符合合伙协议中关于份额转让的规定，如转让条件、优先购买权、审批程序等。若合伙协议中有特别约定，如需其他合伙人同意或放弃优先购买权等，则需确保这些条件得到满足。
二、减资及转让程序细节
减资程序：
- 减资需遵循《合伙企业法》及合伙协议的规定，包括但不限于召开合伙人会议、形成减资决议、通知债权人、公告等。若减资程序存在瑕疵，可能影响减资的合法性，进而影响份额转让的合法性。
- 需关注减资后合伙企业的资本结构是否仍然符合法律及监管要求，以及是否对其他合伙人的权益产生不当影响。
转让程序：
- 份额转让需确保转让协议的合法性、有效性，包括但不限于转让价格、支付方式、转让时间、违约责任等条款的明确约定。
- 需关注转让过程中是否存在损害其他合伙人权益的情形，如未履行通知义务、未给予其他合伙人优先购买权等。
三、信息披露合规性
信息披露义务：
- 索通发展作为上市公司（假设其已上市，虽新闻背景未明确提及，但通常此类投资行为涉及上市公司时需考虑信息披露），其减资及份额转让行为需遵循证券法律法规关于信息披露的规定。
- 需确保及时、准确、完整地披露减资及份额转让的相关信息，包括但不限于减资原因、减资后资本结构、转让对象、转让价格、对上市公司的影响等。
合规性审查：
- 需审查索通发展是否已按照相关法律法规及监管要求履行了信息披露义务，以及信息披露内容是否存在虚假记载、误导性陈述或重大遗漏等情形。
四、法律后果与风险提示
法律后果：
- 若索通发展的减资及份额转让行为存在违法违规情形，可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。
- 违法违规行为还可能对索通发展的声誉、股价等产生负面影响。
风险提示：
- 索通发展应密切关注减资及份额转让过程中的法律风险，确保程序合法合规。
- 其他合伙人及投资者也应关注相关风险，必要时可寻求法律途径维护自身权益。
综合建议：索通发展终止1000万元股权投资基金投资并退出份额的行为，在形式上符合一般法律程序要求，但具体是否合法合规还需结合合伙协议约定、减资及转让程序细节、信息披露合规性等多方面因素综合判断。建议索通发展在后续操作中严格遵循相关法律法规及监管要求，确保程序合法合规，以降低法律风险。若您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。