二级巡视员违法犯罪，一般由监察机关负责调查。以下是对此问题的详细分析：

一、监察机关的调查权限

根据《中华人民共和国监察法》的相关规定，监察机关对所有行使公权力的公职人员进行监察，调查职务违法和职务犯罪。二级巡视员作为公职人员，如果涉嫌违法犯罪，自然属于监察机关的调查范围。监察机关在调查过程中，有权采取一系列调查措施，如询问、查询、冻结、查封、扣押、搜查、勘验检查、鉴定等，以收集证据，查明事实。

二、与其他机关的协作

1. 与公安机关的协作：在调查过程中，如果监察机关发现二级巡视员涉嫌的犯罪行为同时构成刑事犯罪，且需要采取刑事强制措施的，监察机关会及时将案件移送公安机关，由公安机关依法进行刑事侦查。此时，监察机关和公安机关会密切协作，共同推进案件的调查和处理。
2. 与检察机关的协作：监察机关在调查结束后，会将案件移送检察机关审查起诉。检察机关会对案件进行全面审查，包括证据的合法性、充分性以及犯罪事实的认定等。如果检察机关认为案件事实清楚、证据确实充分，且符合起诉条件的，会依法向人民法院提起公诉。

三、特殊情况的处理

1. 涉及多个职务的违法犯罪：如果二级巡视员同时担任其他职务，且涉嫌的违法犯罪行为与其担任的多个职务都有关联，那么监察机关在调查时可能会更加复杂。此时，监察机关需要综合考虑各种因素，确保调查的全面性和准确性。
2. 跨地区、跨部门的违法犯罪：如果二级巡视员的违法犯罪行为涉及多个地区或部门，那么监察机关在调查时可能需要与其他地区或部门的监察机关、公安机关等协作配合。这种情况下，调查的难度和复杂性可能会增加，但监察机关会依法履行职责，确保案件得到妥善处理。

四、法律后果

二级巡视员如果违法犯罪，将依法承担相应的法律责任。这包括行政责任、刑事责任等。具体责任的大小和性质将根据违法犯罪的情节、后果以及法律规定来确定。例如，如果二级巡视员涉嫌贪污受贿等职务犯罪，且数额较大、情节严重，那么可能会面临严厉的刑事处罚。

总结来说，二级巡视员违法犯罪一般由监察机关负责调查。在调查过程中，监察机关会与其他机关密切协作，共同推进案件的调查和处理。如果二级巡视员违法犯罪，将依法承担相应的法律责任。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律解释，可以直接向我咨询。