在破产清算程序中，对于企业违章建筑的财产认定及处置，确实是一个需要细致且谨慎处理的问题。以下是我基于相关法律法规及实践经验，为您提供的详细解答：
一、违章建筑的认定
专业认定流程：
- 首先，需要由相关行政部门，如城市管理部门或规划部门，依据《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，对企业的建筑物是否属于违章建筑进行专业认定。这一步骤是后续所有处置工作的基础，必须确保认定的准确性和权威性。
认定标准明确：
- 违章建筑通常指的是那些未取得建设工程规划许可证，或者未按照许可证规定建设的建筑物。在认定过程中，需要区分不同情况，对于部分虽存在手续瑕疵但可通过补办手续合法化的建筑，不应简单认定为违章建筑。只有那些严重违反规划、无法采取改正措施消除影响的建筑，才应被确认为违章建筑。
二、违章建筑在破产清算中的处置原则
不纳入破产财产：
- 由于违章建筑不具备合法产权，因此它们不能作为破产企业的资产进入破产财产分配程序。破产财产应当是那些具有合法产权的财产，这是破产清算的基本原则。
依法依规处理：
- 违章建筑的处置必须遵循相关法律法规，确保处理过程的合法性和合规性。同时，应遵循行政处理优先原则，即先由行政机关依法作出处理决定（如责令拆除、没收等），破产管理人再据此配合执行。
三、具体处置方式
拆除：
- 如果行政机关责令拆除违章建筑，并且该决定已经生效，那么破产管理人应负责组织实施拆除工作。拆除过程中产生的费用，如人工费、材料费等，应作为破产费用优先支付。同时，破产管理人还需注意妥善处理物品清理、人员安置等问题，以避免引发纠纷。
没收：
- 对于行政机关决定没收的违章建筑，破产管理人应按照要求将其移交给相关行政部门，并配合完成后续的处置工作。这包括协助行政部门进行资产登记、保管或拍卖等。
合法化利用：
- 在特定条件下，如果违章建筑符合城市规划等公共利益需求，并且可以通过补办手续等方式合法化，那么经行政机关同意后，可以依法将其改造为合法建筑。改造后的建筑可以进行合理处置，如出租、转让等。但这一过程必须严格遵循法律规定和行政程序。
涉及第三人权益的处置：
- 如果违章建筑涉及第三人权益，如投资、装修等，那么在处置时需要考虑保护第三人的合法权益。这可以通过协商、调解或法律诉讼等方式来合理确定责任分担和损失补偿。
四、注意事项
详细调查评估：
- 在破产程序中，应对违章建筑进行详细的调查和评估，包括其违法性质、程度以及实际价值等。这些信息将为后续的处置工作提供重要依据。
避免法律纠纷：
- 确保处置程序合法合规是避免法律纠纷的关键。破产管理人应积极与行政机关沟通协调，确保处置工作的顺利进行。同时，在处置过程中应保留好相关证据和文件，以备不时之需。
保障债权人权益：
- 在处置违章建筑时，应充分考虑债权人的权益。破产管理人应确保处置过程公正透明，维护债权人的合法权益。这包括及时向债权人通报处置进展情况、听取债权人的意见和建议等。
综上所述，破产清算企业违章建筑的处置需要依法依规进行，并综合考虑实际情况和各方权益。通过专业认定、明确处置原则、选择合适处置方式以及注意相关事项，可以确保处置工作的合法性和有效性。