投资款以库存现金入账不合法，核心解决思路是立即纠正错误入账方式，并依据实际情况采取补救措施，同时需关注可能面临的法律责任。以下从不同角度展开分析：

一、错误入账方式的纠正

1. 调整会计账目
   若投资款已错误以库存现金形式入账，企业应第一时间通过会计分录调整账目。例如，若原分录为“借：库存现金；贷：实收资本”，需冲销该分录，并重新按正确方式记录（如“借：银行存款；贷：实收资本”）。此操作需由专业会计人员完成，并附详细说明文件，确保账目调整的合法性与合规性。

2. 补充资金流转证明
   若投资款实际通过银行转账支付，但误记为现金入账，需补充银行转账凭证、投资协议等文件，证明资金真实来源与用途。若投资款确以现金形式支付（如小额投资或特殊场景），需补充现金收据、投资者签字确认文件等，但需注意，大额现金交易可能因违反《现金管理暂行条例》而面临监管风险。

二、补救措施与合规建议

1. 完善内部控制制度
   企业应立即审查财务流程，明确投资款接收、记录与核算的规范，禁止大额现金交易，要求所有投资款通过银行转账完成，并留存完整凭证。同时，建立财务复核机制，避免类似错误再次发生。

2. 与投资者沟通说明
   若错误入账已影响投资者权益（如股权比例计算错误），需及时与投资者沟通，说明情况并协商调整方案（如签署补充协议、重新出具出资证明书等），确保投资者权益不受损害。

三、法律责任与风险防范

1. 行政责任风险
   若企业因错误入账导致财务报告不实，可能违反《会计法》《公司法》等规定，面临税务机关、市场监管部门的处罚（如罚款、责令整改等）。此外，若涉及大额现金交易未按规定报备，可能违反《反洗钱法》，需承担相应责任。

2. 刑事责任风险（极端情况）
   若企业通过虚假入账方式隐瞒投资款真实用途（如挪用资金、抽逃出资等），可能构成《刑法》中的挪用资金罪、抽逃出资罪等，相关责任人需承担刑事责任。因此，企业务必确保投资款入账的真实性与合规性。

四、特殊场景处理

若企业因历史原因（如早期成立时财务不规范）导致投资款长期以库存现金形式入账，且无完整凭证，建议采取以下措施：

1. 委托第三方审计机构进行专项审计，出具审计报告，证明资金实际用途与现状；
   
2. 与投资者协商，通过签署补充协议或股东会决议等方式，确认当前股权结构与出资情况；
   
3. 向税务机关、市场监管部门主动说明情况，补缴相关税费（如印花税），并申请合规整改，降低行政处罚风险。

总结：投资款以库存现金入账不合法，企业需立即调整账目、补充凭证、完善内控，并与投资者、监管部门沟通说明。若涉及违法违规行为，需主动整改以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体场景提供详细解决方案。