当审计结论被司法裁定否定时，企业应当采取以下措施来应对这一情况：
理解司法裁定的具体内容和理由：
- 企业首先需要详细阅读司法裁定书，了解裁定否定的具体审计结论部分以及否定的理由。这有助于企业明确问题所在，为后续的应对措施提供方向。
评估影响范围和程度：
- 企业需要评估审计结论被否定对企业财务报告、经营决策、合规性等方面的影响。例如，如果审计结论涉及财务报表的准确性，企业可能需要重新编制或调整财务报表；如果涉及合规性问题，企业可能需要加强内部控制或采取其他纠正措施。
考虑是否提起上诉或申请复议：
- 如果企业认为司法裁定存在错误或不合理之处，可以考虑在法定期限内提起上诉或申请复议。在决定是否提起上诉或申请复议时，企业需要权衡成本、风险以及可能的结果。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律法规，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审；当事人一方人数众多或者当事人双方为公民的案件，也可以向原审人民法院申请再审。
与审计机构沟通：
- 企业可以与出具审计结论的审计机构进行沟通，了解其对于司法裁定的看法和意见。审计机构可能提供有关审计过程、审计证据等方面的信息，有助于企业更好地理解问题并制定应对措施。
加强内部控制和合规性管理：
- 无论审计结论被否定的原因是什么，企业都应加强内部控制和合规性管理，以防止类似问题再次发生。这可能包括完善财务报告制度、加强内部审计、提高员工合规意识等。
考虑法律责任和风险：
- 企业需要评估因审计结论被否定而可能面临的法律责任和风险，如罚款、声誉损失、投资者诉讼等。根据评估结果，企业可以制定相应的风险应对策略，如购买保险、与投资者沟通等。
寻求专业法律意见：
- 在处理此类复杂法律问题时，企业可以寻求专业律师的法律意见。律师可以提供有关法律程序、法律责任、风险应对等方面的专业建议，帮助企业更好地应对审计结论被否定的情况。
在应对过程中，企业需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：面对审计结论被否定的情况，企业需要保持冷静和理性，避免过度反应或采取不当措施。
- 及时沟通：企业应与审计机构、投资者、监管机构等相关方保持及时沟通，确保信息透明和准确。
- 遵循法律程序：在处理法律问题时，企业需要遵循法律程序，确保自身权益得到保障。
若企业在应对过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我具备丰富的公司法务经验，能够为企业提供专业、全面的法律服务。