结论前置：在刑事案件中，不构成犯罪或不予刑事处罚的情况通常不会留下案底，同时特定阶段的处理也可能避免留案底。以下是对这些情况的详细分析：

一、不构成犯罪的情况

1. 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪

   • 根据《中华人民共和国刑法》第十三条，若行为虽具有社会危害性，但情节显著轻微且危害不大，则不被视为犯罪。此类情况下，案件通常不会进入司法程序，因此不会留下案底。例如，轻微的争吵或误会，并未造成实际伤害或损失，且情节轻微，通常不会被认定为犯罪。

2. 犯罪已过追诉时效期限

   • 《刑法》第八十七条规定了犯罪的追诉时效，一旦超过法定的追诉时效，司法机关便不能再行追诉，因此不会留下案底。例如，某人在多年前实施了轻微的盗窃行为，但当时未被发现，多年后即使被发现，也可能因已过追诉时效而不再被追究刑事责任。

3. 经特赦令免除刑罚

   • 特赦是由国家元首或最高权力机关发布的命令，对特定犯罪人免除其全部或部分刑罚。被特赦的犯罪分子，其犯罪记录会被消除，不会留下案底。这种情况较为罕见，通常涉及特定的历史背景或政治因素。

4. 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉

   • 对于侮辱、诽谤等告诉才处理的犯罪，若被害人未提出控告或已撤回控告，则被告人不会因该行为留下案底。例如，某人因小事与他人发生争执，并发表了侮辱性言论，但对方并未选择报警或提起诉讼，那么该行为就不会留下案底。

5. 犯罪嫌疑人、被告人死亡

   • 若犯罪嫌疑人或被告人在刑事诉讼过程中死亡，则诉讼程序终止，不会对其进行定罪量刑，因此不会留下案底。例如，某人在涉嫌犯罪后自杀身亡，那么其涉嫌的犯罪行为就不会留下案底。

二、不予刑事处罚的情况

1. 不满12周岁的人犯罪

   • 根据《刑法》第十七条，不满12周岁的人实施任何犯罪行为均不负刑事责任，因此不会留下案底。这是基于未成年人身心发育尚未成熟，对犯罪行为的认知和控制能力较弱的考虑。

2. 精神病人在不能辨认或控制自己行为时造成危害结果

   • 《刑法》第十八条规定，精神病人在不能辨认或控制自己行为时造成的危害结果，不负刑事责任。经法定程序鉴定确认后，该精神病人不会因该行为留下案底。例如，某精神病人因病情发作而伤害他人，但因其无法辨认或控制自己的行为，因此不会被追究刑事责任。

三、特定阶段的处理与避免留案底

1. 案件被认定为无罪

   • 若案件经过法定程序审理，证明犯罪事实不存在或证据不足，依法不能认定被告人有罪，则不会有案底。例如，某人被指控犯有盗窃罪，但经过法院审理后，发现证据不足，无法证明其有罪，因此判决其无罪，不会留下案底。

2. 审查起诉阶段的不起诉决定

   • 在审查起诉阶段，若人民检察院认为犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚，可以作出不起诉决定，从而避免留案底。例如，某人因涉嫌轻微犯罪被公安机关移送检察院审查起诉，但检察院认为其犯罪情节轻微，且已积极赔偿被害人损失并取得谅解，因此作出不起诉决定。

3. 审判阶段的特殊处理

   • 在审判阶段，对于符合特定条件的案件（如被告人死亡、犯罪已过追诉时效等），法院会终止审理或作出无罪判决，同样不会留下案底。例如，某人在涉嫌犯罪后逃亡多年，后因病去世，法院在审理过程中发现其已死亡，因此终止审理。

4. 未成年人犯罪的特殊处理

   • 对于犯罪时不满十八周岁的未成年人，若被判处五年有期徒刑以下刑罚，其犯罪记录应当被封存。虽然案底仍然存在，但对其查询和使用进行了严格限制，可视为在一定程度上不留案底。这是为了保护未成年人的隐私和未来发展。

5. 积极认罪认罚与赔偿的影响

   • 犯罪嫌疑人或被告人若能积极认罪认罚，并主动退赃、退赔或取得谅解，可能促使检察机关作出不起诉决定或法院作出从轻、减轻处罚的判决，从而降低留案底的风险或减轻案底对个人的影响。例如，某人因涉嫌诈骗被公安机关抓获后，积极认罪认罚并退赔了全部诈骗所得，取得了被害人的谅解，因此检察院对其作出了不起诉决定。

总结与建议：刑事案件中是否留下案底取决于多种法律因素和司法程序的判断。为避免留案底，个人应严格遵守法律法规，避免涉及刑事案件。一旦涉及刑事案件，应积极配合司法机关的调查和处理，并寻求专业律师的帮助以维护自身合法权益。如果你有任何具体的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。