针对您提出的“未取得施工许可擅自施工的质量监督机构如何处理”这一问题，以下是我根据相关法律法规及实践经验给出的详细解答：
一、法律定性
未取得施工许可证擅自施工的行为，明确违反了《中华人民共和国建筑法》及《建设工程质量管理条例》的相关规定。具体来说：
- 《建筑法》第七条：明确规定了建筑工程开工前，建设单位应申请领取施工许可证（特定限额以下的小型工程除外）。
- 《建筑法》第六十四条：对于未取得施工许可证或规避审批的行为，将责令停止施工，限期改正，并可能并处工程合同价款1%至2%的罚款。
- 《建设工程质量管理条例》第五十七条：同样对未取得施工许可证擅自施工的行为，对建设单位和施工单位分别处以工程合同价款1%至2%的罚款。
二、质量监督机构的处理措施
质量监督机构在发现未取得施工许可擅自施工的情况后，将依据上述法律法规，采取以下处理措施：
责令停止施工：
- 质量监督机构会立即下达《责令停止施工通知书》，要求建设单位和施工单位全面暂停施工活动，以防止违法行为继续扩大。
责令改正并补办手续：
- 要求建设单位限期提交完整的施工许可申请材料，包括但不限于建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工图纸及技术资料、施工企业资质证书等。
- 经审核通过后，核发施工许可证，允许项目合法复工。
处以罚款：
- 根据违法情节的严重程度，对建设单位和施工单位分别处以工程合同价款1%至2%的罚款。具体罚款比例将由质量监督机构根据实际情况确定。
强制措施与后续监管：
- 若建设单位和施工单位拒不整改或整改不到位，质量监督机构有权采取查封施工现场、扣押设备等强制措施。
- 同时，将相关违法行为记录在案，并可能将建设单位和施工单位列入企业信用黑名单，影响其后续的项目承接和资质升级。
三、特殊情况与权利保障
- 例外情形：抢险救灾、临时性建筑、农民自建低层住宅等特定项目，根据相关法律法规，可不办理施工许可证。但此类项目仍需确保符合其他相关法律法规的要求。
- 权利保障：若质量监督机构在规定时间内对符合条件、证明文件齐全有效的建筑工程不予颁发施工许可证，建设单位有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
四、合规建议
为避免未取得施工许可擅自施工的问题，建议建设单位：
- 提前规划：在项目招标、设计阶段就同步准备施工许可申报材料，确保开工前能够顺利取得施工许可证。
- 主动沟通：与当地住建部门保持密切联系，及时了解特殊项目的审批流程和政策变化。
- 风险防控：在签订合同时，明确约定施工单位的合法施工义务，避免因施工单位违法行为而承担连带责任。
综上所述，未取得施工许可擅自施工是严重的违法行为，质量监督机构将依法采取严厉的处理措施。因此，建议建设单位务必在开工前按规定办理施工许可证，确保项目的合法性和合规性。