在开车撞死人且负主要责任的情况下，检察院是否起诉需综合考量多种因素，并非一定起诉，但也并非绝对不起诉。以下是对此问题的详细分析：
一、可能构成交通肇事罪
根据《刑法》第一百三十三条的规定，违反交通运输管理法规，因而发生重大事故，致人重伤、死亡或者使公私财产遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役。在开车撞死人且负主要责任的情况下，肇事者通常可能构成交通肇事罪，这是检察院考虑是否起诉的基础。
二、检察院不起诉的主要情形
法定不起诉：
- 在撞死人且负主责的案件中，法定不起诉较为少见。但特殊情况下，如被害人有重大过错导致事故发生，肇事者行为整体上情节显著轻微，不认为是犯罪的，可能适用法定不起诉。
酌定不起诉（情节轻微不起诉）：
- 若肇事者虽然造成他人死亡且负主要责任，但犯罪情节相对轻微，且悔罪态度良好，如主动自首、立功、与被害人家属达成和解协议并积极赔偿取得谅解等，检察院可以基于社会危害性较低和改造可能性较大的考虑，决定不起诉。
证据不足不起诉：
- 若案件关键证据存在瑕疵，无法确切证明肇事者负主要责任，或对被害人死因的鉴定存在疑问，不能排除其他因素导致死亡结果等情况，致使案件证据达不到确实、充分的起诉标准，检察院应当作出不起诉决定。
三、不起诉决定的后续处理
- 公安机关复议复核：若公安机关认为不起诉决定有误，可要求复议，意见不被接受时可向上一级人民检察院提请复核。
- 被害人申诉：被害人若不服不起诉决定，可在收到决定书后七日内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉，或直接向人民法院提起自诉。
- 被不起诉人申诉：被不起诉人若对决定不服，同样可在收到决定书后七日内向人民检察院申诉。
四、注意事项
- 谅解书的作用：虽然取得被害人家属的谅解是积极因素，但并非决定性，检察院会全面考量案情后决定是否起诉。
- 民事赔偿责任：即便检察院决定不起诉，肇事者仍需承担民事赔偿责任，包括医疗费、丧葬费、死亡赔偿金等各项合理费用。
- 驾驶证处理：根据《道路交通安全法》，发生重大交通事故构成犯罪的，公安机关交通管理部门将吊销机动车驾驶证，且在一定期限内（如二年）不得重新申请。
五、建议
在开车撞死人且负主要责任的情况下，肇事者应积极配合调查，真诚悔罪，积极赔偿并取得谅解。同时，建议肇事者及时寻求专业律师的帮助，以便更全面地了解自己的法律权益和可能面临的法律后果，从而争取最佳的法律结果。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将竭诚为你服务。