在双方都有付款的情况下，判决金额的计算需根据具体法律关系、合同约定及实际履行情况综合判定，核心原则是“多退少补”，确保双方权利义务平衡。以下分情况说明：

1. 合同纠纷中的双向付款

若双方因同一合同互负付款义务（如买卖合同中，买方支付货款，卖方交付货物后买方又支付部分款项，但卖方未完全履约），判决金额通常按以下逻辑计算：

• 步骤一：明确合同总标的：例如合同总价款为100万元，买方已支付80万元，卖方仅交付了价值60万元的货物。
• 步骤二：计算履约差额：卖方未履约部分为40万元（100万-60万），买方多付的20万元（80万-60万）可要求返还。
• 步骤三：判决结果：法院可能判决卖方返还买方20万元，并继续履行剩余40万元的交付义务（或赔偿等值损失）。

关键点：合同约定是核心依据，若合同未明确履约顺序（如先付款后交货或反之），需结合《民法典》第525条“同时履行抗辩权”等规则，判断哪方存在违约行为，进而调整判决金额。

2. 不当得利纠纷中的双向付款

若双方付款无合法依据（如误转账款、重复支付），判决金额以“实际受益方返还多余部分”为原则：

• 案例：A误将10万元转入B账户，B发现后未返还；后B因其他原因向A转账5万元。此时A仍有权要求B返还剩余5万元（10万-5万）。
• 例外：若B能证明其保留部分款项有合法原因（如A曾欠B5万元），则判决金额需扣除该部分。

关键点：需证明付款的“无合法依据”及实际金额差额，举证责任通常在主张返还方。

3. 侵权纠纷中的双向付款

若双方互有侵权行为（如交通事故中双方均有过错），判决金额可能按“过错比例抵销”后确定：

• 案例：甲撞伤乙，乙亦因自身过错扩大损失。法院可能判决甲赔偿乙80%的损失，乙自行承担20%；若甲此前已支付部分款项，判决金额需扣除该部分后计算最终赔偿额。

关键点：需通过鉴定或证据明确双方过错比例及实际损失金额，避免重复计算。

4. 特殊场景：混合法律关系

若双方付款涉及多重法律关系（如既存在合同关系，又存在侵权关系），需分段计算：

• 步骤一：区分不同法律关系的标的（如合同款100万，侵权损失20万）。
• 步骤二：分别计算各法律关系下的应付/应收金额。
• 步骤三：合并抵销后确定最终判决金额（如合同款已付清，但侵权需赔20万，则判决赔偿20万）。

总结：判决金额的计算需结合具体案情，核心是“以事实为依据，以法律为准绳”。若涉及复杂计算或证据认定，建议提供合同、付款凭证、沟通记录等材料，以便进一步分析。