在运输合同纠纷中，若车辆核载量与实际承载量不一致，运费的主张及法院的判决需根据具体情况分析，核心结论如下：
若合同明确约定了运费计算方式（如按车次、按重量、按体积等）：
- 运费主张：应严格按照合同约定执行。若合同约定按核载量计算运费，但实际承载量超过核载量，除非合同另有约定（如超载部分加收运费），否则运费通常仍按核载量计算；若合同约定按实际承载量计算运费，则应按实际承载量主张运费。
- 法院判决：法院会审查合同条款，若合同条款清晰明确，且不违反法律、行政法规的强制性规定，法院通常会支持按合同约定计算运费。
若合同未明确约定运费计算方式，但约定了车辆核载量：
- 运费主张：可主张按车辆核载量计算运费，但需提供证据证明双方对核载量有明确约定，且该约定是运费计算的基础。若实际承载量超过核载量，且未造成额外损失或风险，主张超载部分运费可能难以得到支持。
- 法院判决：法院会综合考虑合同履行情况、行业惯例、双方交易习惯等因素，判断运费计算方式。若核载量是双方认可的运费计算基础，且超载未导致额外损失，法院可能不支持超载部分运费。
若合同未明确约定运费计算方式及车辆核载量：
- 运费主张：可主张按实际履行情况（如实际运输次数、实际运输货物重量或体积等）计算运费，但需提供充分证据证明实际履行情况。若实际承载量与核载量不一致，且双方对此有争议，需结合其他证据（如装货单、卸货单、证人证言等）综合判断。
- 法院判决：法院会依据《民法典》中关于合同履行的规定，结合双方提供的证据，综合判断运费计算方式。若实际履行情况与行业惯例、交易习惯相符，法院可能支持按实际履行情况计算运费。
案例参考：
- 案例一：某运输合同中，双方约定按车辆核载量计算运费，但实际承载量超过核载量。法院审理后认为，合同条款清晰明确，且超载部分未造成额外损失或风险，因此判决按核载量计算运费，不支持超载部分运费。
- 案例二：某运输合同中，双方未明确约定运费计算方式及车辆核载量，但实际履行中按实际运输货物重量计算运费。法院审理后认为，双方实际履行情况与行业惯例相符，因此判决按实际运输货物重量计算运费。
建议：在签订运输合同时，应明确约定运费计算方式、车辆核载量等关键条款，以避免纠纷发生。若发生纠纷，应及时收集证据，并咨询专业律师以维护自身合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。