关于工资由甲方代发且盖分包项目章，甲方是否认可的问题，这主要取决于甲方与分包方之间的具体约定以及相关法律法规的规定，以下分情况讨论：

1. 若甲方与分包方有明确约定：

   • 如果甲方与分包方在合同中明确约定了工资由甲方代发，并且约定了使用分包项目章作为工资发放的确认方式，那么在这种情况下，甲方通常会认可盖有分包项目章的工资发放文件或记录。这是因为双方已经通过合同形式明确了各自的权利和义务，包括工资发放的方式和确认方式。

2. 若甲方与分包方无明确约定或约定不明：

   • 在没有明确约定或约定不明的情况下，甲方是否认可盖有分包项目章的工资发放文件或记录，就取决于多种因素了。一方面，甲方可能会考虑分包项目章的真实性和合法性，即该章是否由分包方合法持有并使用，以及是否代表了分包方的真实意愿。另一方面，甲方还可能会考虑工资发放的实际操作情况，比如工资是否确实发放到了劳动者手中，以及发放的金额和时间等是否符合双方之前的约定或行业惯例。
   • 若甲方不认可：在这种情况下，可能会引发劳动纠纷。劳动者可能会主张自己的工资权益，要求甲方或分包方支付拖欠的工资。此时，就需要通过法律途径来解决纠纷，比如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在处理这类纠纷时，法院或仲裁机构会综合考虑双方提供的证据和事实情况，来判定甲方是否应该承担工资支付责任。

3. 从法律法规的角度来看：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位（在这里可以视为分包方）应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果分包方未按时足额支付工资，劳动者有权要求用人单位支付，并可以依法向劳动行政部门投诉或申请劳动争议仲裁、提起诉讼。
   • 同时，如果甲方作为总承包方或建设单位，与分包方存在工程分包关系，并且按照约定或行业惯例承担了部分或全部工资支付责任，那么甲方也应当遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的工资权益得到保障。

建议：

• 为了避免类似的纠纷发生，建议甲方与分包方在合同中明确约定工资发放的方式、时间、金额以及确认方式等细节问题，并确保双方都严格遵守合同约定。
• 对于劳动者来说，如果发现自己的工资被拖欠或未足额支付，应当及时与用人单位或甲方沟通协商，并保留好相关证据以便维权。

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