税务稽查在判定违法行为时，会综合考量多个方面的因素和证据，以下是一些主要的判定依据和流程：
一、税务稽查的常见触发原因
税务稽查的触发原因多种多样，主要包括但不限于以下几种情况：
例行检查：税务机关会定期对企业或个人进行税务检查，这是正常的监管程序，旨在确保税收的正常征收和纳税申报的准确性。
专项检查：针对特定行业、特定税种或特定税收违法行为展开的检查，通常是因为发现了一些行业普遍性问题或接到相关线索而发起的。
举报检查：如果有人向税务机关举报纳税人存在税务问题，如虚开发票、隐瞒收入、逃避纳税等，税务机关会进行调查核实。
税务系统自动预警：随着税务系统大数据分析能力的增强，当企业出现经营异常情况，如长期零申报、亏损、未按规定时间进行税务申报、报税不完整、收入和利润波动大等，系统可能会自动预警并触发稽查。
被关联的风险：如果企业的供应商或客户出现税务问题，税务机关可能会顺着发票流向检查关联企业。
随机抽查：税务机关会按一定比例随机抽查企业，进行税务检查。
行业专项整治：当某个行业普遍存在税务问题时，税务局会开展专项检查。
历史问题被追溯：税务稽查没有“过期”一说，如果发现企业往年有偷税行为，仍可追缴税款和滞纳金。
二、税务稽查判定违法行为的依据
在稽查过程中，税务机关会依据以下方面的证据和事实来判定是否存在税务违法行为：
财务报表分析：税务稽查人员会仔细分析企业的财务报表，包括资产负债表、利润表、现金流量表等，查看是否存在异常情况，如利润率明显低于同行业水平等。
纳税申报表审核：稽查人员会检查企业的纳税申报表，如增值税申报表、企业所得税申报表等，确保申报的数据真实、准确，计算正确，符合税收法律法规的要求。
会计凭证和账簿检查：稽查人员会查看企业的会计凭证和账簿，包括原始凭证和记账凭证，检查记录是否完整、合规，是否存在虚假记账等问题。
发票相关资料审查：发票是税务稽查的重点内容之一。稽查人员会审查企业的发票领购簿、开具和取得的发票存根联、抵扣联等，检查发票是否真实有效，是否存在虚增成本、发票开具内容与实际业务不符等情况。
实地核查与询问：稽查人员可能会进行实地核查，了解企业的实际经营情况，并对相关人员进行询问，获取第一手资料。
三、税务稽查的流程与应对建议
了解稽查原因：在接到税务稽查通知后，企业应首先了解稽查的原因，以便有针对性地准备资料和应对。
准备相关资料：企业应准备齐全的财务报表、纳税申报表、会计凭证和账簿、发票相关资料等，以便稽查人员审查。
积极配合稽查工作：企业应以积极、配合的态度迎接税务稽查，避免出现抵触情绪或隐瞒信息的行为。同时，可以指定一名熟悉财务和税务情况的人员专门负责与稽查人员沟通和协调工作。
清楚自身合法权益：企业有权要求稽查人员出示证件和检查通知书，并在认为稽查人员与本案有利害关系或其他可能影响公正执法的关系时，申请回避。
谨慎回答问题：对于稽查人员提出的问题，企业应如实回答，但避免猜测和不实陈述。如果对某些问题不清楚或不确定，可以向稽查人员说明情况，并在核实清楚后再进行回答。
及时沟通和解释疑问：如果在稽查过程中发现企业的申报数据和实际情况与稽查人员的理解存在差异，企业应及时主动地进行沟通，说明原因，并提供合理的说明和证据。
关注稽查结果和后续处理：税务稽查结束后，企业应认真对待处理决定，如果对处理决定有异议，可以在规定的时间内通过合法途径申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。同时，对于稽查中发现的税务问题，企业应认真分析原因，及时进行整改。
综上所述，税务稽查在判定违法行为时会综合考量多个方面的因素和证据。企业应积极配合稽查工作，准备齐全相关资料，清楚自身合法权益，谨慎回答问题，并及时沟通和解释疑问，以维护自己的合法权益。