政府部门在特定情况下有权依法查询个人股票财产。以下是对这一问题的详细分析：

1. 税务部门：根据税收征收管理法的规定，税务机关在履行税收征收管理职责时，有权对纳税人的财产情况进行查询，这自然包括个人股票财产。税务部门查询个人股票财产，通常是为了核实纳税人的申报情况，确保税收的准确征收。

2. 司法机关：在刑事诉讼、民事诉讼或行政诉讼等司法程序中，法院、检察院等司法机关有权根据案件需要，对涉案人员的财产情况进行查询。这同样包括个人股票财产。司法机关查询个人股票财产，通常是为了查明案件事实，保护当事人的合法权益，或执行法院的判决、裁定。

3. 证券监管机构：作为证券市场的监管者，证券监管机构（如中国证监会）有权对证券市场参与者的交易行为、资金流动等进行监管。在特定情况下，如涉嫌内幕交易、市场操纵等违法行为时，证券监管机构有权对相关人员的股票财产进行查询，以调查违法行为并维护市场秩序。

查询的合法性与程序：

• 政府部门查询个人股票财产，必须依法进行，遵循严格的法律程序和权限规定。
• 查询通常需要出具正式的法律文书，如搜查令、协助查询通知书等，并明确查询的目的、范围和方式。
• 政府部门在查询过程中，必须保护个人隐私和商业秘密，不得泄露查询到的信息或用于非法定目的。

个人权益保护：

• 如果个人认为政府部门的查询行为侵犯了自己的合法权益，可以依法提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等。
• 在查询过程中，个人也有权要求政府部门出示相关法律文书，并了解查询的目的和范围。

如果您有关于个人股票财产被政府部门查询的具体疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律解答。