针对您提出的“对司法鉴定有异议但对方已将车辆恢复”的问题，这确实是一个涉及法律程序和证据保留的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、理解司法鉴定异议的处理流程
首先，您需要明确的是，对司法鉴定结果有异议时，通常可以通过内部复核或申请重新鉴定等途径来寻求解决。根据《司法鉴定机构内部复核工作规定(试行)》，司法鉴定机构在完成鉴定后，正式出具司法鉴定意见书之前，会进行内部复核，以确保鉴定程序和鉴定意见的准确性和公正性。如果您对鉴定结果有异议，可以在鉴定机构内部复核阶段提出，要求复核人进行仔细审查。
二、车辆恢复对鉴定异议的影响
然而，您提到对方已经将车辆恢复，这可能会对您的鉴定异议产生一定影响。因为车辆的状态是鉴定的重要依据之一，如果车辆已经被恢复，那么原始状态可能已经无法复原，这可能会给重新鉴定或复核带来困难。但即便如此，您仍然可以尝试通过以下途径来维护自己的权益：
收集其他证据：除了车辆状态外，您还可以收集其他与事故相关的证据，如现场照片、视频、证人证言等，以支持您的异议。
申请重新鉴定：如果内部复核无法解决您的问题，您可以考虑向法院提出重新鉴定申请。在诉讼过程中，法院会委托具有资质的鉴定机构进行重新鉴定，以确保鉴定结果的公正性和准确性。但需要注意的是，重新鉴定需要充分的理由和证据支持，且可能涉及较高的费用和时间成本。
咨询专业律师：在处理此类复杂法律问题时，咨询专业律师是非常重要的。律师可以根据您的具体情况，为您提供专业的法律建议和帮助，指导您如何收集证据、申请重新鉴定以及维护自己的合法权益。
三、具体行动建议
尽快联系鉴定机构：如果您对鉴定结果有异议，应尽快联系鉴定机构，了解内部复核的具体流程和要求，并提交您的异议申请。
收集并保存证据：在联系鉴定机构的同时，您应积极收集并保存与事故相关的所有证据，包括现场照片、视频、证人证言等。这些证据将有助于支持您的异议申请或重新鉴定申请。
考虑法律途径：如果内部复核无法解决您的问题，且您认为有必要通过法律途径来维护自己的权益，那么您可以考虑向法院提起诉讼，并申请重新鉴定。在此过程中，请务必咨询专业律师的意见和帮助。
四、注意事项
保持冷静和理性：在处理此类问题时，保持冷静和理性是非常重要的。不要因为情绪激动而做出过激的行为或言论，以免对自己的权益造成不必要的损害。
及时行动：时间是非常宝贵的。在发现对鉴定结果有异议后，应尽快采取行动，以免错过内部复核或重新鉴定的最佳时机。
尊重法律程序：在处理法律问题时，必须尊重法律程序和规定。不要试图通过非法手段来解决问题，否则可能会面临法律责任和处罚。
综上所述，虽然对方已经将车辆恢复可能会给您的鉴定异议带来一定困难，但您仍然可以通过收集其他证据、申请重新鉴定以及咨询专业律师等途径来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。