针对“无证经营修车店员工工作中因被来修理的车辆撞死怎么处罚”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 关于无证经营修车店的行政处罚
   根据《无证无照经营查处办法》第六条，经营者未依法取得营业执照从事经营活动的，由市场监督管理部门责令停止违法行为，没收违法所得，并处1万元以下的罚款。若修车店涉及机动车维修等需特殊许可的经营项目，还可能因违反《道路运输条例》第六十三条，被交通运输主管部门责令停止经营，没收违法所得并处2万至10万元罚款。行政处罚对象为修车店经营者，与员工死亡无直接关联，但可能影响后续民事赔偿能力。

2. 关于员工死亡的工伤认定与赔偿
   根据《工伤保险条例》第十四条，员工在工作时间和工作场所内因工作原因受到事故伤害的，应认定为工伤。即使修车店无证经营，不影响工伤认定，但需注意：

   • 若经营者未为员工缴纳工伤保险，根据《工伤保险条例》第六十二条，所有工伤保险待遇（如一次性工亡补助金、丧葬补助金、供养亲属抚恤金）均由经营者承担。
     
   • 若经营者无力赔偿，员工家属可依据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》，向法院起诉要求经营者以人身损害赔偿标准（通常高于工伤标准）进行赔偿。

3. 关于肇事车辆的民事赔偿责任
   若车辆撞击员工系因驾驶员操作不当（如未观察周围环境、违规驾驶等），根据《民法典》第一千一百六十五条，驾驶员需承担侵权赔偿责任。赔偿范围包括医疗费、丧葬费、死亡赔偿金、被扶养人生活费等。若车辆投保了交强险或商业三者险，保险公司需在保险限额内先行赔付，不足部分由驾驶员承担。

4. 关于刑事责任的可能性
   若经营者存在重大过失（如明知修车区域存在安全隐患却未采取防护措施），导致员工死亡，可能涉嫌《刑法》第一百三十四条规定的重大责任事故罪，面临三年以下有期徒刑或拘役；情节特别恶劣的，处三年以上七年以下有期徒刑。但需注意：刑事责任的认定需严格符合“过失”要件，且需公安机关立案侦查后由检察院提起公诉。

建议行动：

• 员工家属应第一时间报警并保留现场证据（如监控录像、证人证言），同时向当地人社局申请工伤认定；
  
• 若经营者拒绝赔偿，可委托律师向法院起诉经营者及肇事驾驶员，要求民事赔偿；
  
• 若怀疑经营者存在刑事犯罪，可向公安机关报案，要求追究其刑事责任。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。