结论：在逾期后重新办卡且未签订协议的情况下，若发生自动扣费，能否追回取决于多个因素，包括扣费的具体原因、是否构成不当得利以及是否超过诉讼时效等。以下从不同角度进行分析：
一、扣费原因及性质
原债务延续扣费：
- 如果新卡与原债务账户相关联，且扣费是用于偿还原逾期债务，那么这种扣费可能被视为债务的延续。在这种情况下，由于您未签订新的还款协议，但原债务仍然存在，因此扣费可能具有一定的合法性。然而，这并不意味着您无法对扣费提出异议，特别是如果扣费金额、时间或方式与原债务约定不符。
- 建议：首先核实扣费的具体原因和金额，与发卡机构沟通确认扣费是否用于偿还原债务，并要求提供详细的扣费记录和依据。
不当得利扣费：
- 如果扣费并非用于偿还原债务，而是发卡机构错误地扣除了您的费用，或者扣费金额超出了您应支付的金额，那么这种扣费可能构成不当得利。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，得利人没有法律根据取得不当利益的，受损失的人可以请求得利人返还取得的利益。
- 建议：收集相关证据，如扣费记录、银行流水、与发卡机构的沟通记录等，以证明扣费的不当性，并向发卡机构提出返还请求。如果发卡机构拒绝返还，您可以考虑通过法律途径解决。
二、诉讼时效问题
- 如果扣费行为已经发生较长时间，您需要考虑诉讼时效的问题。根据《中华人民共和国民法典》的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 建议：尽快核实扣费时间，并评估是否仍在诉讼时效期间内。如果仍在诉讼时效期间内，您可以考虑通过法律途径追回扣费；如果已经超过诉讼时效期间，您可能会面临一定的法律风险。
三、实际操作建议
与发卡机构沟通：
- 首先，尝试与发卡机构进行沟通，了解扣费的具体原因和依据，并要求提供详细的扣费记录。通过沟通，您可能能够直接解决问题，避免不必要的法律纠纷。
收集证据：
- 如果沟通无果，您需要开始收集相关证据，以支持您的主张。这包括扣费记录、银行流水、与发卡机构的沟通记录等。证据越充分，您追回扣费的成功率就越高。
考虑法律途径：
- 如果发卡机构拒绝返还扣费，且您认为扣费构成不当得利或存在其他违法行为，您可以考虑通过法律途径解决。这可能包括向消费者协会投诉、提起民事诉讼等。
最后，逾期后重新办卡且未签订协议的情况下发生自动扣费，能否追回取决于多个因素。如果您遇到此类问题，建议尽快核实扣费原因和金额，与发卡机构沟通并收集相关证据。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。