工程甩项结算时，质保金是否可以扣除需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定甩项结算时质保金处理方式的
   若合同中明确约定甩项结算情形下质保金的扣除比例、计算方式或免除条件（例如约定甩项部分不纳入质保范围），则应优先适用合同约定。此时，只要约定不违反法律强制性规定（如质保金比例不超过工程价款结算总额的3%），发包方有权按约定扣除或调整质保金。

2. 合同未明确约定甩项结算时质保金处理方式的
   根据《建设工程质量保证金管理办法》第二条，质保金是发包方与承包方在合同中约定，从应付工程款中预留的用于保证承包方履行缺陷修复义务的资金。甩项结算的本质是发包方同意承包方未完成全部工程即退场，但质保责任仍需以合同约定或法律规定为准：

   • 甩项部分与质保责任的关系：若甩项部分属于承包方已施工但未完成全部内容的工程（如未安装设备但主体结构已完成），则该部分仍应纳入质保范围，质保金按甩项部分价款占合同总价的比例相应调整；
     
   • 甩项部分与质保责任无关的情形：若甩项部分属于承包方未施工的工程（如发包方另行发包给第三方），则该部分不应纳入质保范围，质保金仅针对承包方已施工部分计算。
     

3. 发包方单方扣除质保金的合法性边界
   即使甩项结算，发包方也无权单方扩大质保金扣除范围或提高扣除比例。若发包方以甩项为由主张扣除超出合同约定或法律规定的质保金（如要求扣除甩项部分对应的全部质保金，但甩项部分实际未产生质量问题），承包方有权通过协商、诉讼或仲裁要求返还超额扣除部分。

实务建议：

• 承包方应在甩项结算协议中明确约定质保金的处理方式（如“甩项部分价款为XX元，对应质保金为XX元，质保期自XX日起算”），避免后续争议；
  
• 发包方若主张扣除质保金，需提供甩项部分存在质量问题的证据（如检测报告、维修记录），否则可能构成不当得利。
  

如有具体合同条款或甩项结算协议需要分析，可直接向我提供详细信息。