针对您提出的“营业执照不注销会有什么后果”以及“长期未经营的企业该怎么合法处理”这两个问题，我将结合相关法律法规和实际案例，为您进行详细解答。
一、营业执照不注销的后果
法律处罚：
- 根据《中华人民共和国公司法》的规定，公司成立后无正当理由超过六个月未开业，或开业后自行停业连续六个月以上，公司登记机关有权吊销其营业执照。此外，若公司登记事项发生变更而未依法办理变更登记，也将面临一万元以上十万元以下的罚款。
- 这意味着，企业若长期不经营且不注销，将面临吊销执照和罚款的法律风险，这不仅会影响企业的声誉，还可能给企业带来直接的经济损失。
信用记录受损：
- 营业执照未注销而被吊销后，企业法定代表人、股东将被工商局列入黑名单，个人信用记录将受到严重影响。在一段时间内（如三年），他们可能无法使用自己的名字再注册公司，且个人信用不良记录将保持较长时间（如七年）。
- 这不仅限制了他们的商业活动，还可能对日常生活产生负面影响，如贷款买房、买车或办理出国移民等。
限制未来商业活动：
- 对于个体户而言，若不主动办理注销手续且长期不经营，其营业执照同样可能被吊销。吊销后，在一定时间内（如三年）无法使用该营业执照进行商业活动。
- 同时，如果个体户超过一年不参加年检，也会被列入黑名单，进一步影响其未来的商业活动。
税务与工商方面的持续义务与风险：
- 税务方面：即使企业停止经营，但未注销前仍需履行税务申报义务。若长期不申报，将导致税务罚款，甚至被列入税务异常名单。这将严重影响法人及相关人员的征信，限制其乘坐高铁、飞机等高消费出行方式。
- 工商方面：长期不注销的企业将被工商部门列入经营异常名录，影响企业的信用评级。后续若再开办企业或进行相关经济活动，将受到诸多限制。
占用行政资源：
- 长期不注销的企业档案会长期留存，占用行政管理资源。这不仅不利于市场秩序的维护和管理，还可能导致行政资源的浪费。
二、长期未经营的企业该怎么合法处理
对于长期未经营的企业，最合法且推荐的处理方式是及时办理注销手续。具体步骤如下：
清算企业资产和负债：
- 在注销前，企业需要对其资产和负债进行全面清算，确保所有债务得到清偿，所有资产得到妥善处理。
办理税务注销：
- 企业需要向税务机关申报并缴纳所有应缴税款，然后办理税务注销手续。这是注销过程中必不可少的一步，也是确保企业税务合规的重要环节。
办理工商注销：
- 在完成税务注销后，企业需要向工商登记机关提交注销申请，并提交相关证明材料（如清算报告、税务注销证明等）。工商登记机关将对企业提交的材料进行审核，审核通过后将注销企业的营业执照。
注销银行账户和其他相关账户：
- 企业还需要注销其在银行开立的公司专户以及其他相关账户（如社保账户、公积金账户等），以确保所有账户都得到妥善处理。
总结与建议：
营业执照长时间不注销将带来严重的法律后果和财务风险，不仅影响企业的正常运营和法定代表人的个人信用，还可能对法人的日常生活和未来发展造成诸多不便。因此，我建议企业在停止经营或解散后，务必及时办理营业执照的注销手续。如果您在注销过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请咨询专业律师以获取更详细的指导和建议。