若申请执行金额少于实际应还款金额，可通过以下方式处理：
- 核查执行依据与还款金额差异原因
首先需明确执行依据（如生效判决书、调解书）中确定的金额与实际还款金额存在差异的具体原因。常见情形包括：
- 利息或违约金计算错误：若执行依据中明确约定了利息、违约金计算方式，但实际还款金额包含超出约定范围的部分（如复利、罚息未被支持），可向法院提交书面异议，附上执行依据原文及利息计算明细，要求重新核定执行金额。
- 部分履行或和解协议：若债务人已部分履行债务，或双方达成和解协议但未完全履行，需确认执行依据是否已变更（如通过法院出具调解书或补充协议）。若未变更，可申请法院强制执行剩余金额；若已变更，需以新协议为准。
- 执行费用或优先权扣除：若还款金额中已扣除执行费、诉讼费或存在其他优先受偿权（如抵押权），需核对执行裁定书或相关法律文书，确认扣除金额是否合法合理。若存在争议，可申请执行异议审查。
申请补充执行或恢复执行
若差异原因系执行依据未完全履行（如债务人仅履行部分义务），可向法院提交《补充执行申请书》，附上执行依据、已履行证明（如转账记录、收条）及剩余金额计算依据，要求法院继续执行剩余款项。
若案件曾因债务人无财产可供执行而终结本次执行程序，但后续发现债务人有可供执行财产（如新购房产、存款），可申请恢复执行，并明确申请执行的金额为剩余未履行部分。
通过执行异议或执行异议之诉主张权利
若认为执行行为违法（如错误扣划、超标的执行），可依据《民事诉讼法》第232条向执行法院提出书面异议，法院应在15日内审查并作出裁定。对裁定不服的，可在10日内向上一级法院申请复议。
若争议涉及实体权利（如对执行标的所有权有争议），可依据《民事诉讼法》第234条提起执行异议之诉，通过诉讼程序确认权利归属，进而影响执行金额。
注意事项：
- 申请执行时需提交完整的执行依据及履行情况证明，避免因证据不足导致申请被驳回。
- 执行过程中需密切关注债务人财产变动情况，及时申请财产保全或续封，防止债务人转移财产。
- 若债务人确无履行能力，可申请将其纳入失信被执行人名单或限制高消费，通过信用惩戒督促履行。
如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。