分公司以总公司名义投标后中标，一般不可以直接由分公司履行合同，但在特定条件下可能具有合法性。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的合规性分析
招投标基本原则：招标活动必须遵循公平、公正、公开的原则。分公司作为投标人参与投标，是基于其自身的资质、能力、业绩等条件进行竞争的。若中标后由分公司履行合同，但合同签订主体（如仍为总公司）与实际履行主体（分公司）不一致，可能引发对招投标公平性的质疑，尤其是在未获得招标人明确同意的情况下。然而，若合同签订主体与实际履行主体均明确为分公司，且符合招投标文件要求，则通常不存在合规性问题。
合同主体的合法性：分公司虽然不具有独立法人资格，但其在法律上是可以以自己名义从事民事活动的实体，包括签订和履行合同。因此，若分公司中标，且合同签订主体与实际履行主体均为分公司，这并不违反法律关于合同主体的规定。但若合同签订主体为总公司，而实际履行主体为分公司，则可能因主体不一致而引发法律风险。
法律责任的明确性：若合同签订主体与实际履行主体不一致，可能导致在合同履行过程中出现责任不清、权利义务不明等问题。例如，当合同出现纠纷时，是追究总公司的责任还是分公司的责任，可能引发争议。
二、特殊情况的合法性探讨
尽管一般情况下分公司中标后不应直接由分公司以总公司名义签订的合同来履行（若合同签订主体本就为总公司且未获招标人同意变更履行主体），但在某些特定条件下，分公司履行合同可能具有合法性：
招标人同意：如果招标人在招投标文件中明确规定或事先说明允许中标项目由分公司实际履行，并且在实际操作中获得了招标人的明确同意或认可，那么分公司履行合同是合法的。这种情况下，招标人对合同履行主体的变更表示了认可，视为对招投标程序的一种特殊安排。
合同变更或补充协议：若在中标后，经招标人同意，总公司与分公司签订变更协议或补充协议，明确由分公司作为实际履行主体，并对此进行充分披露和认可，那么分公司履行合同也是合法的。但这种情况下，需要确保合同变更或补充协议的内容符合法律法规的要求，且不会损害其他投标人的合法权益。
三、实际操作中的建议
明确合同签订与履行主体：在招投标过程中，应明确合同签订主体与实际履行主体，确保两者一致或符合招投标文件的要求。若需变更履行主体，应事先获得招标人的明确同意，并签订变更协议或补充协议。
完善内部授权机制：若分公司需要代表总公司签订合同或履行合同，应确保已获得总公司的明确授权，并妥善保留授权文件以备查证。同时，分公司应在授权范围内行事，避免超越权限导致法律风险。
咨询专业法律意见：鉴于合同签订与履行主体问题可能涉及的复杂法律问题，建议在具体操作前详细咨询专业的法律顾问或律师。他们可以根据具体的项目情况、地区法律法规以及合同条款，为当事人提供针对性的法律建议和解决方案。
总结：分公司以总公司名义投标后中标，一般不可以直接由分公司履行合同（若合同签订主体本就为总公司且未获招标人同意变更履行主体），但在特定条件下（如获得招标人同意或签订变更协议/补充协议）可能具有合法性。为确保操作的合规性和有效性，建议在实际操作前咨询专业法律意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。