结论：单位因经营成本问题通过绩效扣工资是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同、规章制度、扣减比例及是否低于最低工资标准等因素。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同与规章制度的角度
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件、标准及扣减情形，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么单位根据合同约定因经营成本问题扣减绩效工资，通常是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。若双方在劳动合同中明确约定了绩效工资的扣减条款，且该条款合法有效，则双方应受其约束。
规章制度规定：
- 若单位通过民主程序制定了规章制度，且该规章制度中明确规定了因经营成本问题可以扣减绩效工资的情形、比例及程序，同时该规章制度已向劳动者公示或告知，那么单位根据规章制度扣减绩效工资，也是合法的。
- 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
二、扣减比例与最低工资标准的角度
扣减比例限制：
- 即使劳动合同或规章制度中规定了可以扣减绩效工资，但扣减的比例也应受到限制。一般来说，扣减后的工资不得低于当地的最低工资标准。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。虽然此条主要针对因劳动者原因造成的经济损失，但可类比推理，单位因经营成本问题扣减绩效工资时，也应遵循类似的比例限制，确保扣减后的工资不低于最低工资标准。
最低工资标准保障：
- 无论何种原因扣减工资，单位都应确保扣减后的工资不低于当地的最低工资标准。这是法律对劳动者基本生活保障的底线要求。
- 法律依据：根据《劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。最低工资的具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
三、实际操作中的建议
审查劳动合同与规章制度：
- 劳动者应仔细审查自己的劳动合同及单位的规章制度，了解其中关于绩效工资的发放条件、标准及扣减情形的约定或规定。
与单位沟通协商：
- 若对扣减绩效工资有异议，劳动者应首先与单位进行沟通协商，了解扣减的具体原因、比例及依据，并尝试达成共识。
寻求法律援助：
- 若沟通协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在此过程中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
总结：单位因经营成本问题通过绩效扣工资是否合法，需综合考虑劳动合同、规章制度、扣减比例及是否低于最低工资标准等因素。若单位的行为符合相关法律法规及合同约定，则通常是合法的；反之，则可能构成违法。劳动者在面对此类问题时，应仔细审查合同与制度、与单位沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。