使用射钉枪捕猎两只三有保护动物，将可能面临行政责任和刑事责任两种法律后果，具体分析如下：
一、行政责任
根据《中华人民共和国野生动物保护法》（2023年修订）的相关规定，猎捕非国家重点保护野生动物（包括“三有动物”）需依法取得县级以上地方人民政府野生动物保护主管部门核发的狩猎证，并严格遵守猎捕量限额管理。若违反此规定，在自然保护地、禁猎（渔）区、禁猎（渔）期猎捕，或未取得狩猎证、未按照狩猎证规定猎捕，或使用禁用的工具、方法猎捕的，将面临以下行政处罚：
- 没收猎获物、猎捕工具和违法所得：这意味着你猎捕到的动物、使用的射钉枪以及通过猎捕获得的任何收益都将被没收。
- 吊销狩猎证：如果你持有狩猎证，该证件将被吊销，且可能在未来一段时间内或永久无法再次获得。
- 罚款：处猎获物价值一倍以上三倍以下罚款；若猎获物价值不足一千元，则处一千元以上三千元以下罚款。这是对你违法行为的直接经济惩罚。
- 治安管理处罚：若构成违反治安管理行为，还将由公安机关依法给予治安管理处罚，如拘留、罚款等。
二、刑事责任
对于非法狩猎行为，若达到一定的严重程度，将构成刑事犯罪。具体立案追诉标准依据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》确定，包括但不限于：
- 非法狩猎野生动物数量：虽然你只猎捕了两只三有保护动物，但若这两只动物属于珍贵、濒危物种，或者你的狩猎行为在禁猎区、禁猎期内进行，且使用了禁用的工具或方法，那么你的行为就可能构成非法狩猎罪。
- 情节严重情形：除了数量因素外，若你的狩猎行为对当地生态环境造成了严重破坏，或者引起了社会广泛关注，也可能被视为情节严重。
一旦构成非法狩猎罪，依据《中华人民共和国刑法》第三百四十一条第二款，你将面临以下刑事处罚：
- 有期徒刑、拘役、管制或罚金：具体刑罚将根据你的犯罪情节轻重来判定，可能包括有期徒刑、拘役、管制或罚金等。
法律建议：
- 立即停止违法行为：如果你已经实施了猎捕三有保护动物的行为，应立即停止，并主动向当地野生动物保护主管部门报告，争取从轻处理。
- 增强法律意识：了解并遵守野生动物保护相关法律法规，不参与任何形式的非法猎杀、交易野生动物的活动。
- 积极配合调查：若你的行为已被相关部门发现并展开调查，应积极配合调查工作，如实陈述事实，提供相关证据。
总之，保护野生动物是维护生态平衡和生物多样性的重要举措。无论是“三有动物”还是国家重点保护的珍贵、濒危野生动物，都应受到法律的严格保护。如果你有任何关于野生动物保护的法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。