结论：宅基地在国有土地上被学校占用是否违法，需根据具体情况判断，包括占用行为的合法性、是否经过法定程序、是否给予合理补偿等因素。以下从多个角度进行分析：
一、占用行为的合法性基础
土地性质与规划：
- 若宅基地本身已依法被征收为国有土地，并纳入学校建设规划范围内，且该征收行为合法有效，那么学校占用该土地进行建设是合法的。
- 若宅基地仍为集体所有，未经合法征收程序即被学校占用，则该行为可能构成违法。
法定程序：
- 占用宅基地进行学校建设，必须依法履行相关程序，如取得建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等。
- 若未履行法定程序，即使土地已征收为国有，占用行为也可能因程序违法而无效。
二、补偿与安置问题
合理补偿：
- 若宅基地被合法征收为国有土地，并用于学校建设，征收方应依法给予被征收人合理的补偿，包括土地补偿费、安置补助费等。
- 若未给予合理补偿，被征收人有权拒绝占用，并可通过法律途径维护自身权益。
安置方案：
- 征收方还应提供合理的安置方案，确保被征收人的居住和生活条件不受影响。
- 若安置方案不合理或未落实，被征收人同样有权拒绝占用，并要求征收方改进安置方案。
三、法律后果与维权途径
违法占用的法律后果：
- 若学校未经合法程序占用宅基地，可能面临行政处罚，如责令退还土地、拆除违法建筑等。
- 若占用行为给被征收人造成损失，还应承担赔偿责任。
维权途径：
- 被征收人认为占用行为违法的，可以向当地国土资源部门、规划部门等投诉举报。
- 也可以依法向人民法院提起行政诉讼或民事诉讼，要求确认占用行为违法并赔偿损失。
四、特殊情况考虑
- 历史遗留问题：若宅基地占用行为发生在较早时期，且当时法律、法规不完善或执行不严格，可能存在历史遗留问题。此时，需结合当时的具体情况和法律、法规进行分析判断。
- 政策调整与变化：随着法律、法规的完善和政策调整，宅基地占用行为的合法性标准也可能发生变化。因此，在判断占用行为是否违法时，还需考虑政策调整与变化的因素。
建议：若您的宅基地被学校占用，且您认为该行为违法或存在争议，建议您及时咨询专业律师（即向我咨询），了解具体法律情况和维权途径。同时，保留好相关证据材料，如土地证、征收文件、补偿协议等，以便在维权过程中使用。