在征用土地且仅有公司补偿协议、无政府拆迁协议的情况下，涉及的主要税种及分析如下：

1. 企业所得税

   • 补偿收入性质：公司支付的补偿款若被认定为与取得土地使用权相关的支出，可能被视为企业取得资产的对价，计入企业所得税的应税收入或成本扣除范畴。若补偿款属于因土地被征用而获得的赔偿，根据《企业所得税法》及其实施条例，企业取得的各类补偿收入（如因政策性搬迁、处置资产等）通常需计入应纳税所得额，但符合条件的政策性搬迁补偿可享受递延纳税优惠。
   • 关键点：需区分补偿款是“对土地使用权的补偿”还是“对地上附着物、搬迁损失的补偿”。前者可能涉及土地使用权转让的税务处理，后者可能按“搬迁补偿”处理。若企业符合政策性搬迁条件（如政府主导、因公共利益需要等），可按《国家税务总局关于发布〈企业政策性搬迁所得税管理办法〉的公告》规定，在搬迁完成年度将搬迁收入扣除搬迁支出后的净额计入当期应纳税所得额，或选择递延纳税。

2. 土地增值税（针对企业转让土地使用权）

   • 适用条件：若公司通过补偿协议实际转让了土地使用权（如将土地使用权转移至征用方或其指定主体），且土地使用权权属发生变更，可能触发土地增值税。根据《土地增值税暂行条例》，转让国有土地使用权、地上建筑物及附着物并取得收入的单位和个人需缴纳土地增值税，以转让收入减除扣除项目金额后的增值额为计税依据。
   • 关键点：若补偿协议仅涉及地上附着物（如房屋、设备）的补偿，未涉及土地使用权转让，则不缴纳土地增值税。若涉及土地使用权转让，需进一步分析是否符合免税条件（如因国家建设需要依法征用、收回的房地产）。

3. 增值税（针对企业提供应税行为）

   • 适用条件：若公司通过补偿协议提供了应税服务（如拆除、搬迁服务），且收取的补偿款实质为服务对价，可能需按“建筑服务”或“其他现代服务”缴纳增值税。但若补偿款仅为对资产损失的补偿，未涉及应税行为，则不缴纳增值税。
   • 关键点：需结合协议条款判断补偿款的性质。若协议明确约定补偿款包含服务费用，则需缴纳增值税；若仅为对资产价值的补偿，则无需缴纳。

4. 个人所得税（针对个人取得补偿款）

   • 适用条件：若补偿协议的受偿方为个人（如土地承包经营权人、地上房屋所有权人），且补偿款属于因土地被征用而取得的所得，需按“财产转让所得”或“偶然所得”缴纳个人所得税。但根据《财政部、国家税务总局关于城镇房屋拆迁有关税收政策的通知》，对被拆迁人按照国家有关城镇房屋拆迁管理办法规定的标准取得的拆迁补偿款，免征个人所得税。
   • 关键点：需区分补偿款是“对土地承包经营权的补偿”还是“对地上房屋的补偿”。前者可能按“财产转让所得”征税，后者若符合免税条件则免征。

建议：

• 核实协议性质：首先需明确补偿协议是否涉及土地使用权转让、服务提供或资产补偿，以确定应税行为类型。
• 区分主体类型：企业与个人在税务处理上差异较大，需根据受偿方主体类型选择适用税种。
• 咨询税务机关：由于税务处理需结合具体协议条款、地方政策及税务机关认定，建议携带协议文本向当地税务机关咨询，以获取准确指导。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体协议内容为您提供详细分析。