在电瓶车与电瓶车相撞，且对方闯红灯负主责、另一方负次责的情况下，医药费的分配需依据交警部门出具的事故责任认定书来确定，并遵循《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、医药费分配原则
依据责任比例分担：
- 在双方都有责任的情况下，医药费将按照交警认定的责任比例来分担。例如，若闯红灯方承担70%责任，另一方承担30%责任，则医药费也大致按此比例分担。
考虑实际情况与公平原则：
- 尽管责任比例是主要的分配依据，但在实际操作中，还需考虑双方的实际情况，如伤势严重程度、经济状况等，以及公平原则，确保赔偿结果既合法又合理。
二、具体分配方式
闯红灯方（主责）：
- 闯红灯方作为主要责任方，应承担大部分医药费。具体比例根据交警认定，如70%或更高。
- 若闯红灯方有保险（如非机动车第三者责任险），则先由保险公司在责任限额范围内赔付；不足部分，由闯红灯方个人承担。
另一方（次责）：
- 另一方作为次要责任方，承担较小比例的医药费。具体比例根据交警认定，如30%或更低。
- 同样，若另一方有保险，则先由保险赔付；不足部分，由另一方个人承担。
三、处理流程与建议
立即报警并保护现场：
- 事故发生后，应立即报警并保护现场，等待交警到来进行勘查和责任认定。
及时就医并保存证据：
- 伤者应及时就医，并妥善保存所有医疗费用票据、病历资料等证据，以便后续赔偿协商或诉讼。
协商或诉讼解决争议：
- 根据交警出具的事故认定书，事故各方可以协商处理赔偿事宜。若协商不成，可通过法律途径解决争议，如向法院提起诉讼。
四、注意事项
具体比例需根据事故情况确定：
- 医药费的具体分配比例应根据事故的具体情况来确定，包括双方的过错程度、伤势严重程度、经济状况等。
保持冷静与理性：
- 在处理过程中，建议各方保持冷静、理性，避免情绪化行为影响赔偿结果的公正性。
遵循法律法规：
- 严格遵循相关法律法规的规定，确保赔偿过程合法合规，维护各方的合法权益。
综上所述，电瓶车与电瓶车相撞时，若对方闯红灯负主责、另一方负次责，医药费的分配应依据交警认定的责任比例来确定，并考虑双方的实际情况与公平原则。通过及时报警、保存证据、协商或诉讼等方式，可以有效维护各方的合法权益。