旷工三天通常应仅扣除这三天的工资，用人单位不得额外多扣工资作为惩罚，否则可能构成违法。以下从不同角度为你详细分析：
法律规定角度
- 工资支付原则：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，劳动者提供了正常劳动后，有权获得相应的劳动报酬，用人单位无权随意多扣工资作为惩罚。
- 经济损失赔偿扣除限制：依据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。所以，即便旷工给用人单位造成了损失，扣除工资也需遵循这一限额规定，不能随意多扣。
劳动合同与规章制度方面
- 规章制度合法性要求：用人单位在劳动合同或规章制度中规定旷工扣工资时，该条款需满足合法性要求，即经过民主程序制定、向劳动者公示告知，且不违反法律法规的强制性规定。如果规章制度未满足这些条件，或者内容本身不合理，如高额克扣工资，那么该条款无效，用人单位不能据此随意克扣工资。
- 实际执行情况：即使公司规章制度明确规定了旷工扣工资的方式，但在实际执行时，也必须严格遵循法律规定。例如，不能超出法律规定的扣除限额，不能在未造成实际经济损失的情况下额外扣除工资等。
不同情况下的具体处理
- 仅旷工未造成损失：如果劳动者只是旷工，没有给用人单位造成实际经济损失，那么用人单位仅能不支付旷工当天的工资，不能额外扣除其他正常工作日的工资。例如，某劳动者月工资为5000元，按照月计薪天数21.75天计算，日工资约为229.89元（5000÷21.75）。若该劳动者旷工三天，用人单位可以合法地不支付这三天的工资，即扣除689.67元（229.89×3）。
- 旷工且造成损失：如果劳动者的旷工行为给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从工资中合理扣除相应款项。但扣除时仍需遵循法律规定，即每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后剩余工资不低于当地月最低工资标准。例如，某劳动者月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元，若其旷工三天给用人单位造成了1500元的经济损失，用人单位每月最多只能从其工资中扣除1000元（5000×20%），扣除后剩余工资为4000元，高于当地月最低工资标准。如果损失超过几个月才能弥补，用人单位需分月扣除，且每月扣除后剩余工资都不得低于2000元。
员工权益保护与应对措施
- 与单位协商：如果用人单位存在克扣工资的情况，劳动者首先应与用人单位沟通，要求按照实际旷工天数合理扣除工资，并指出额外扣除工资的不合法性。
- 申请仲裁或投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。
- 法律咨询：在协商、申请仲裁或投诉前，劳动者可以咨询专业律师（当然，你有问题也可以直接向我咨询），了解自己的权利和法律程序，以便更有效地维护自己的权益。
总之，旷工三天应仅扣除这三天的工资，用人单位不得额外多扣。如果遇到用人单位违法扣除工资的情况，劳动者应依法维权。