公司以两次重大考核不合格为由辞退员工，是否合法需分情况讨论，具体如下：
一、若公司考核制度合法且员工确实两次考核不合格
考核制度合法性：
- 公司需有明确的考核制度，且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论、协商确定），并已向员工公示或告知。
- 考核制度中应明确考核标准、考核程序以及考核不合格的处理方式，且这些规定需合理、合法，不违反法律法规的强制性规定。
员工考核不合格事实：
- 公司需提供充分证据证明员工确实两次考核不合格，如考核记录、员工签字确认的考核结果等。
- 考核过程需公正、公平，避免主观臆断或歧视性评价。
辞退合法性：
- 在考核制度合法且员工确实两次考核不合格的情况下，公司依据考核制度辞退员工，通常视为合法解除劳动合同。
- 但公司需按照《劳动合同法》的规定，提前三十日以书面形式通知员工本人或额外支付员工一个月工资（代通知金），并支付经济补偿金（工作每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付）。
二、若公司考核制度不合法或员工考核不合格事实不成立
考核制度不合法：
- 若公司考核制度未通过民主程序制定、未向员工公示或告知，或考核标准、程序、处理方式不合理、不合法，则该考核制度对员工不具有约束力。
- 在此情况下，公司以考核不合格为由辞退员工，可能构成违法解除劳动合同。
员工考核不合格事实不成立：
- 若公司无法提供充分证据证明员工两次考核不合格，或考核过程存在不公正、不公平的情况，则员工考核不合格的事实不成立。
- 公司以此为由辞退员工，同样可能构成违法解除劳动合同。
违法解除劳动合同的后果：
- 根据《劳动合同法》的规定，公司违法解除劳动合同的，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金（赔偿金为经济补偿金的两倍）。
三、建议与提醒
对于公司：
- 制定合法、合理的考核制度，并确保通过民主程序制定、向员工公示或告知。
- 在考核过程中保持公正、公平，避免主观臆断或歧视性评价。
- 辞退员工时，需按照法律法规的规定履行通知义务并支付经济补偿金或赔偿金。
对于员工：
- 了解公司的考核制度，确保自己清楚考核标准、程序以及考核不合格的处理方式。
- 如认为公司考核不公正、不公平或考核制度不合法，可及时向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
- 如被公司违法辞退，可依法维护自己的合法权益，要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
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