餐馆烟囱设置超过楼顶但低于旁边居住楼，是否合法需分情况讨论，以下从不同角度进行分析：
一、从环保法规角度
根据《中华人民共和国大气污染防治法》的相关规定，排放油烟的餐饮服务业经营者应当安装油烟净化设施并保持正常使用，或者采取其他油烟净化措施，使油烟达标排放，并防止对附近居民的正常生活环境造成污染。若餐馆的烟囱设置虽然超过楼顶但低于旁边居住楼，然而其排放的油烟、废气等污染物仍然对旁边居住楼的居民造成了影响，如油烟味过重、废气排放导致空气质量下降等，那么这种设置方式是不合法的。因为环保法规的核心目的是保护环境和公众健康，防止污染物的排放对他人造成不良影响。
二、从建筑规划和安全角度
建筑规划方面：餐馆的烟囱设置需要符合当地的建筑规划和城市管理要求。如果烟囱的设置违反了建筑规划，如未经过规划审批、未按照规划要求进行设置等，那么这种设置方式是不合法的。即使烟囱的高度超过楼顶但低于旁边居住楼，也不能成为其违反建筑规划的合法理由。
安全方面：烟囱的设置还需要考虑安全因素，如防止火灾、防止烟囱倒塌等。如果烟囱的设置存在安全隐患，如结构不稳定、材料不合格等，那么这种设置方式同样是不合法的。因为安全是建筑和设施设置的基本要求，任何可能危及公众安全的设置方式都是不被允许的。
三、从相邻权角度
根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻权的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果餐馆的烟囱设置虽然超过楼顶但低于旁边居住楼，然而其排放的油烟、废气等污染物或者产生的噪音等对旁边居住楼的居民造成了实质性的干扰和损害，那么这种设置方式可能侵犯了相邻权，是不合法的。在这种情况下，受影响的居民有权要求餐馆采取措施消除影响、恢复原状或者赔偿损失。
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