结论前置：商品房业主在房子里建神庙是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及建筑物用途变更、规划许可、相邻权及宗教活动管理等多方面法律规定。以下从不同角度详细分析：

1. 建筑物用途变更与规划许可

• 核心前提：商品房设计用途通常为居住、办公或商业等，若业主擅自改变用途（如将住宅改为宗教场所），需符合《民法典》及《城乡规划法》相关规定。
• 法律分析：
  • 根据《民法典》第二百七十九条，业主不得违反法律、法规以及管理规约，将住宅改变为经营性用房。若建神庙涉及宗教活动或对外开放，可能被认定为“经营性”或“公共用途”，需经有利害关系的业主一致同意，并依法办理规划变更手续。
  • 《城乡规划法》第四十三条规定，建设单位应按照规划条件进行建设；确需变更的，需向城乡规划主管部门申请变更许可。未经许可擅自改变用途，可能面临限期改正、罚款甚至强制拆除。
• 建议：若仅供家庭内部使用且不扰民，风险较低；若涉及对外开放或改变房屋结构，需提前咨询规划部门并办理手续。

2. 相邻权与物业管理

• 核心前提：业主行使权利不得损害其他业主合法权益，需遵守物业管理规约。
• 法律分析：
  • 根据《民法典》第二百八十八条，不动产的相邻权利人应正确处理相邻关系，避免干扰他人生活。若建神庙产生噪音、异味或聚集人群，可能侵犯相邻权，其他业主可要求停止侵害、排除妨碍。
  • 物业管理规约可能对房屋用途、装修等作出限制。若规约明确禁止改变住宅用途或进行宗教活动，业主需遵守，否则可能面临物业制止或业主委员会诉讼。
• 建议：提前与邻居沟通，确保不扰民；查阅物业管理规约，避免违规。

3. 宗教活动管理

• 核心前提：宗教活动需在合法场所进行，并受宗教事务部门监管。
• 法律分析：
  • 根据《宗教事务条例》第十九条，宗教活动场所包括寺观教堂和固定处所，需经县级以上宗教事务部门审批并登记。私人住宅内设立宗教场所，若未履行审批手续，可能被认定为非法宗教活动，面临取缔或处罚。
  • 若神庙仅供家庭成员祈祷、祭祀，不涉及公开传教或集体活动，通常不构成违法；但若对外开放或组织宗教活动，则需依法申请场所登记。
• 建议：明确神庙用途，避免公开宗教活动；若需对外开放，提前向宗教事务部门咨询并办理手续。

4. 房屋结构与安全

• 核心前提：装修或改造不得破坏房屋主体结构，影响安全。
• 法律分析：
  • 根据《住宅室内装饰装修管理办法》第五条，未经原设计单位或具有相应资质等级的设计单位提出设计方案，不得变动建筑主体和承重结构。若建神庙涉及拆改墙体、改变布局，可能违反该规定，面临责令改正、罚款等处罚。
• 建议：装修前委托专业机构评估结构安全，避免擅自拆改；若需改动，需经设计单位出具方案并报物业备案。

综合建议

1. 自用且不扰民：若神庙仅供家庭内部使用，不改变房屋结构、不产生噪音或异味，且未违反物业管理规约，通常合法性风险较低。
2. 对外开放或改变用途：需同时满足以下条件：
   • 经有利害关系的业主一致同意；
   • 依法办理规划变更手续；
   • 向宗教事务部门申请宗教场所登记（如涉及公开宗教活动）；
   • 确保不破坏房屋结构、不影响安全。
3. 风险提示：若未履行上述手续，可能面临行政处罚（如罚款、强制拆除）、民事纠纷（如邻居起诉）甚至刑事责任（如因结构改动导致安全事故）。

如有具体场景或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供更详细的法律分析。