针对您提出的“虚开发票自查发现后怎么处理”的问题，这是一个涉及法律与税务合规的重要议题，必须严肃对待。以下是我为您整理的详细处理步骤和建议：
一、立即停止违法行为
一旦自查发现存在虚开发票的行为，首要任务是立即停止这一违法行为，以避免法律责任进一步加重。虚开发票是严重的税收违法行为，不仅可能导致行政处罚，还可能涉及刑事责任，因此必须果断采取行动。
二、进行内部调查与整改
成立调查小组：企业应迅速成立专门的调查小组，全面深入地调查虚开发票的具体情况，包括虚开的时间、数量、金额以及参与人员等。
作废或红冲虚开发票：对于已虚开的发票，如果符合相关规定，应尽快进行作废或红冲处理，并调整相应的账务记录。
补缴税款和滞纳金：因虚开发票而少缴的税款和滞纳金，应主动向税务机关补缴，以体现企业的合规意愿和责任感。
三、咨询专业人士
在处理虚开发票问题时，及时咨询专业律师或税务师是至关重要的。他们能够提供专业的法律意见，帮助您了解可能面临的法律后果，并制定合适的应对策略。专业人士的指导将确保您的处理过程合规、有效，并最大程度地减轻法律后果。
四、配合税务机关或司法机关的调查
提供相关资料：按照税务机关或司法机关的要求，及时、准确地提供与虚开发票相关的各类资料，如合同、发票、账簿、凭证及银行账户信息等。这些资料是调查的重要依据，必须真实、完整。
积极配合询问：相关人员应积极配合调查人员的询问，如实陈述事实，不得拒绝、阻碍调查或提供虚假陈述。诚实配合是减轻法律责任的关键。
五、争取从轻处理
在处理虚开发票问题时，您可以利用自首、立功、坦白等法定情节，争取从轻或减轻处罚。主动向税务机关报告虚开发票情况，并积极配合调查和整改，这些行为都可能成为您争取从轻处理的依据。
六、加强后续管理与预防
接受处罚并改正错误：依法接受税务机关的行政处罚，并采取措施改正错误。这是体现企业合规意愿和责任感的重要步骤。
完善内部管理制度：建立完善的财务管理制度和发票管理制度，确保发票的合法性和真实性。加强对发票开具、审核、保存等环节的管理，防止类似问题再次发生。
持续法律咨询：在处理过程中及处理后，持续咨询专业律师或税务师，以确保所有操作均符合法律法规要求。法律环境不断变化，持续的法律咨询将帮助您保持合规状态。
综上所述，虚开发票自查发现后，必须立即停止违法行为，进行内部调查与整改，咨询专业人士，配合税务机关或司法机关的调查，争取从轻处理，并加强后续管理与预防。这些措施将帮助您有效应对虚开发票问题，并确保未来的合规运营。