结论：第三轮土地承包时因纠纷不让您确权是否合理，需视具体情况而定。若纠纷确实存在且涉及土地权属争议，那么暂缓确权是合理的；若纠纷不成立或已解决，则不让确权是不合理的。

法律背景与详细分析：

1. 土地承包确权的基本原则：

   • 根据《中华人民共和国农村土地承包法》及相关政策，土地承包确权旨在明确土地承包经营权归属，保护农民合法权益。确权过程应遵循公平、公正、公开的原则，确保每一户农民的合法权益得到保障。

2. 纠纷对确权的影响：

   • 在土地承包确权过程中，如果存在纠纷，特别是涉及土地权属争议的纠纷，确权工作可能会受到影响。这是因为纠纷的存在可能导致土地权属不明确，无法准确确定承包经营权的归属。
   • 根据相关规定，对于存在纠纷的土地，通常会暂缓确权，待纠纷解决后再进行。这是为了确保确权的准确性和公正性，避免因纠纷未解决而导致确权结果的不稳定或无效。

3. 您的情况分析：

   • 您提到在二轮承包时已经获得了土地确权证，这表明在二轮承包时，您的土地权属是明确的，且已经得到了法律的认可。
   • 然而，在第三轮土地承包时，如果村里或相关部门以存在纠纷为由不让您确权，那么需要核实该纠纷的具体情况。如果纠纷确实存在，且涉及土地权属争议，那么暂缓确权是合理的。但如果您认为纠纷不成立或已经解决，那么不让确权则是不合理的。

4. 建议与行动：

   • 核实纠纷情况：首先，您需要核实村里或相关部门所指的纠纷具体是什么，是否涉及土地权属争议，以及该纠纷是否已经得到解决。
   • 提供证据：如果您认为纠纷不成立或已经解决，您可以向村里或相关部门提供相关证据，如二轮承包时的确权证、土地使用证明、纠纷解决协议等，以证明您的土地权属是明确的。
   • 寻求法律援助：如果村里或相关部门仍然坚持不让您确权，您可以寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。您可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权策略。

可能面临的法律后果：

• 如果纠纷确实存在且未得到解决，那么暂缓确权是合理的，您需要等待纠纷解决后再进行确权。
• 如果纠纷不成立或已经解决，但村里或相关部门仍然不让您确权，那么您可以通过法律途径维权，要求相关部门履行确权职责。如果因此给您造成损失的，您还可以要求赔偿。

总结与进一步思考：

土地承包确权是保护农民合法权益的重要措施。在确权过程中，如果存在纠纷，应暂缓确权以待解决。但如果您认为纠纷不成立或已经解决，而村里或相关部门仍然不让确权，那么您应积极寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。