工厂罚款不可以超过本金，这种做法不合法。以下从不同角度进行分析：
从劳动法角度：
- 根据我国《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位并非行政执法机关，不具有罚款的权力。工厂对员工进行罚款，通常缺乏法律依据。即便在某些情况下，工厂依据内部规章制度对员工进行处罚，这些规章制度也必须符合法律法规的规定，且不得侵犯员工的合法权益。罚款超过本金，显然超出了合理范围，侵犯了员工的财产权，因此是不合法的。
从合同角度：
- 如果工厂与员工在劳动合同中约定了罚款条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款在合同范围内是有效的。但是，这种约定并不意味着工厂可以随意罚款，更不意味着罚款可以超过本金。罚款的数额应当合理，且应当与员工的违规行为相适应。如果罚款数额过高，超出了员工的承受能力，或者与违规行为的性质、情节严重不符，那么这种罚款条款可能被视为无效或可撤销。
从实际操作角度：
- 在实际操作中，工厂对员工进行罚款往往缺乏透明度和公正性。罚款的数额、依据和程序往往由工厂单方面决定，员工很难有机会进行申辩或救济。如果罚款超过本金，员工可能会感到极度不公和愤怒，从而引发劳动争议和纠纷。这不仅不利于工厂的和谐稳定，也可能对工厂的声誉和形象造成负面影响。