结论：个体工商户更换经营者后，员工仍然可以申请劳动仲裁，但具体情形需根据更换经营者的方式及员工与个体工商户之间的劳动关系状况来确定。
分析说明：
个体工商户更换经营者的法律性质：
- 个体工商户的更换经营者，通常涉及原经营者退出和新经营者加入的过程。这一过程中，个体工商户的字号、经营场所等可能保持不变，但实际经营主体发生了变更。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，个体工商户的债务，个人经营的，以个人财产承担；家庭经营的，以家庭财产承担。更换经营者并不意味着原个体工商户的债务（包括劳动债务）自动免除。
员工与个体工商户的劳动关系：
- 员工与个体工商户之间建立的是劳动关系，受《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的保护。
- 无论个体工商户的经营者如何变更，只要员工与个体工商户之间的劳动关系未依法解除或终止，员工就享有相应的劳动权益。
更换经营者后员工申请劳动仲裁的情形：
- 情形一：若新经营者承认并继续履行原劳动合同，员工与新经营者之间形成新的劳动关系（实质上是原劳动关系的延续），员工可以就原劳动合同履行过程中的争议（如工资拖欠、加班费未支付等）向新经营者主张权利，并申请劳动仲裁。
- 情形二：若新经营者不承认原劳动合同，或原经营者与新经营者之间就员工劳动关系处理存在争议，导致员工权益受损，员工仍然可以就原劳动关系期间的争议向原经营者或新经营者（视具体情况而定）申请劳动仲裁。在此情况下，员工需要提供证据证明其与原个体工商户之间存在劳动关系，以及争议的具体事实和理由。
法律建议：
- 保留证据：员工应妥善保管与原个体工商户之间的劳动合同、工资单、工作证等证据，以证明其与原个体工商户之间存在劳动关系。
- 及时申请：若员工发现其权益受到侵害，应及时向劳动仲裁机构申请仲裁，避免超过仲裁时效。
- 咨询专业律师：在申请仲裁前，员工可以咨询专业律师，了解具体的法律程序和维权策略，以提高维权成功率。
特殊情形说明：
- 若个体工商户在更换经营者过程中进行了注销登记，并重新注册了新的个体工商户，员工需要就原个体工商户注销前的劳动关系争议向原经营者主张权利。若原经营者无法联系或拒绝承担责任，员工可能需要通过法律途径追究其法律责任。
- 若新经营者与原经营者之间存在明确的债务承接协议，且该协议涵盖了员工劳动债务的承接，员工可以根据协议内容向新经营者主张权利。但这一情形需要具体分析协议内容，并可能需要法律程序的确认。
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