诊所因药品过期被处罚5000元是否违法，需结合具体情况判断，但通常来说，若过期药品货值金额较低且未造成严重后果，5000元罚款可能处于合理范围，但不一定绝对合法，因为具体罚款数额需依据货值金额及违规情节确定。以下从法律角度详细分析：

一、过期药品的法律认定

根据《中华人民共和国药品管理法》第九十八条，超过有效期的药品被明确界定为劣药。这意味着，诊所使用或销售过期药品，即构成使用或销售劣药的违法行为。

二、处罚措施及法律依据

1. 一般情形下的处罚：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》第一百一十七条，生产、销售劣药的，由药品监督管理部门没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下的罚款。
   • 违法生产、批发的药品货值金额不足十万元的，按十万元计算；违法零售的药品货值金额不足一万元的，按一万元计算。

2. 具体罚款数额的计算：

   • 假设诊所过期药品的货值金额为500元，那么按照最低罚款倍数（十倍）计算，罚款数额至少为5000元（500元×10=5000元），最高可达10000元（500元×20=10000元）。
   • 因此，如果诊所过期药品的货值金额较低，且未造成严重后果，5000元的罚款可能处于合理范围之内。但若货值金额较高，或存在其他严重情节，5000元罚款则可能偏低。

3. 情节严重的处罚：

   • 如果诊所的违规行为情节严重，如使用过期药品导致患者健康受损，药品监督管理部门还可能责令停产停业整顿，直至吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或医疗机构制剂许可证。

三、实际执法中的考量因素

药品监督管理部门在具体执法过程中，会综合考虑多种因素来确定最终的处罚幅度，这些因素包括但不限于：

• 过期药品的种类、数量、货值金额；
• 是否造成实际危害后果；
• 诊所的整改态度及配合程度；
• 诊所的历史违规记录等。

四、其他法律责任

除了行政处罚外，如果诊所因使用过期药品导致患者受到人身损害，诊所还需承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费、护理费、误工费、残疾赔偿金（如造成残疾）、精神损害抚慰金等。

五、建议与总结

1. 严格药品管理：诊所应建立严格的药品管理制度，定期检查药品有效期，确保药品在有效期内使用。
2. 加强员工培训：定期组织员工进行法律法规培训，明确使用过期药品的法律风险。
3. 完善追溯机制：确保药品采购、存储、使用全流程可追溯，便于问题排查和责任追究。

总结来说，诊所因药品过期被处罚5000元是否违法，需结合过期药品的货值金额、违规情节以及是否造成严重后果等因素综合判断。如果货值金额较低且未造成严重后果，5000元罚款可能处于合理范围；但如果货值金额较高或存在其他严重情节，则可能面临更严厉的处罚。因此，诊所应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，确保药品质量和安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。