建设工程施工合同纠纷中的违约金争议，通常适用专属管辖，但也存在例外情况。以下是对此问题的详细分析：

一、通常适用专属管辖的情况

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条（及后续修正中的对应条款）及最高人民法院关于适用该法的解释，因不动产纠纷提起的诉讼，包括建设工程施工合同纠纷，由不动产所在地人民法院专属管辖。这一规定的理由在于：

1. 工程施工与不动产的紧密联系：施工结果形成不可移动的不动产，如房屋、桥梁等，与特定土地紧密相连。因此，相关纠纷（包括工程质量、工程款支付及违约金争议等）与不动产位置、状态密切相关，由不动产所在地法院管辖便于实地勘查和准确查明事实。
2. 便于证据的收集和审查：工程施工过程中产生的证据（如图纸、变更通知、施工记录）与具体施工地点密切相关。不动产所在地法院具有地缘优势，能更便捷地收集、审查证据，减少举证困难。
3. 有利于判决的执行：若判决涉及工程修复、整改或违约金支付等执行内容，不动产所在地法院可直接监督执行，确保判决有效执行，保障当事人权益。

二、不适用专属管辖的特殊情况

尽管建设工程施工合同纠纷通常适用专属管辖，但也存在例外情况，主要包括：

1. 协议管辖约定：根据《民事诉讼法》的相关规定，如果建设工程施工合同的当事人在合同中明确约定了管辖法院，且该约定不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定，那么在发生纠纷（包括违约金争议）时，应优先按照协议管辖的约定确定管辖法院。
2. 特定法律规定的不适用：虽然大多数情况下建设工程施工合同纠纷适用专属管辖，但也有观点认为，根据最高人民法院的某些裁判观点及司法实践，建设工程施工合同纠纷在特定情况下可能不按照专属管辖处理，而是按照一般合同纠纷的管辖原则（即被告住所地或合同履行地人民法院管辖）来确定管辖法院。然而，这一观点并非主流，且在实际操作中需结合具体案情和司法实践来判断。但值得注意的是，若合同双方已就管辖法院达成书面协议，则应优先遵循该协议确定管辖法院，这一点是明确的。

三、法律建议

1. 在签订合同时明确约定管辖法院：为避免未来可能发生的管辖争议，建议当事人在签订建设工程施工合同时，就管辖问题作出明确约定。约定应明确、具体，且不违反法律关于级别管辖和专属管辖的规定。
2. 在发生纠纷时及时咨询专业律师：若发生建设工程施工合同纠纷（包括违约金争议），当事人应及时咨询专业律师，了解法律规定和司法实践，合理选择管辖法院，以维护自身合法权益。

综上所述，建设工程施工合同纠纷中的违约金争议通常适用专属管辖，但也存在协议管辖等例外情况。在处理此类纠纷时，当事人应充分了解法律规定和司法实践，合理选择管辖法院，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。