结论前置：法人信用卡有欠款，扣款是否会扣公司的钱，这主要取决于信用卡的办理主体、欠款性质以及公司章程或相关协议的规定，以下分情况详细说明：

1. 若法人信用卡是以公司名义办理，且用于公司经营：

   • 在这种情况下，法人信用卡的欠款通常被视为公司债务。如果信用卡欠款未按时偿还，银行或金融机构有权根据合同约定，从公司账户中扣款以偿还欠款。这是因为信用卡的使用是基于公司的信用和授权，公司作为信用卡的持卡人，应当承担还款责任。
   • 法律背景：根据《中华人民共和国公司法》及相关金融法规，公司作为独立的法人实体，应当以其全部财产对公司的债务承担责任。因此，如果法人信用卡的欠款被视为公司债务，公司有义务偿还。

2. 若法人信用卡是以个人名义办理，但用于公司经营，且公司章程或相关协议有明确规定：

   • 如果法人信用卡虽然是以个人名义办理，但实际用于公司经营，并且公司章程或相关协议中明确规定了此类债务的承担方式（如由公司承担），那么在公司未能按时偿还信用卡欠款的情况下，银行或金融机构可能无法直接从公司账户中扣款，但可以通过法律途径向公司追偿。
   • 法律建议：在这种情况下，建议公司及时与银行或金融机构沟通，明确债务的承担方式，并尽快偿还欠款，以避免法律纠纷和信用损失。同时，公司应完善内部财务管理制度，明确个人信用卡用于公司经营时的债务承担规则。

3. 若法人信用卡是以个人名义办理，且未用于公司经营：

   • 在这种情况下，法人信用卡的欠款被视为个人债务，与公司无关。银行或金融机构无权从公司账户中扣款以偿还个人信用卡欠款。
   • 法律后果：如果法人未能按时偿还个人信用卡欠款，可能会影响其个人信用记录，并可能面临银行或金融机构的催收、诉讼等法律后果。但这些后果均与公司无关。

进一步思考：

• 对于公司而言，为了避免因法人信用卡欠款而引发的法律纠纷和信用损失，建议公司明确信用卡的办理主体和使用范围，并在公司章程或相关协议中明确规定债务的承担方式。
• 对于法人而言，如果其信用卡用于公司经营，应确保及时与公司沟通并明确债务的承担方式，以避免因个人债务问题而影响公司运营和信用。

如有任何关于金融保险或债务债权方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。