结论：母猪保险耳标丢失后保险公司是否理赔，需根据保险合同具体条款、耳标丢失与保险事故的因果关系以及是否及时采取补救措施等情况综合判断，以下分情况说明：

1. 保险合同有明确约定耳标丢失的处理方式

   • 若保险合同中明确规定“耳标丢失属于免责范围”，例如条款中写明“因耳标丢失、损毁导致无法确认保险标的身份的，保险公司不承担赔偿责任”，那么在这种情况下，保险公司可以依据合同条款拒绝理赔。
   • 若保险合同约定“耳标丢失后，被保险人在一定期限内补办耳标并通知保险公司的，不影响理赔”，那么只要被保险人按照约定补办耳标并及时通知，保险公司应当正常理赔。例如，合同规定耳标丢失后7日内补办并通知，被保险人按时完成，后续母猪发生保险事故，保险公司需赔付。

2. 保险合同未明确约定耳标丢失的处理方式

   • 耳标丢失与保险事故无因果关系：如果母猪发生保险事故（如疾病死亡、意外事故死亡等）与耳标丢失没有直接因果关系，且被保险人能够提供其他有效证据证明发生事故的母猪就是保险标的（如养殖记录、照片、证人证言等），保险公司通常应当承担理赔责任。例如，母猪因感染疾病死亡，虽然耳标丢失，但有详细的养殖记录显示该母猪在保险期间内，且兽医诊断报告等证据证明死亡原因，保险公司应理赔。
   • 耳标丢失与保险事故有因果关系：若耳标丢失导致无法及时对母猪进行管理、防疫等，进而引发保险事故（如因无法识别母猪身份，未能及时进行疫苗接种，导致母猪感染疾病死亡），这种情况下保险公司可能会以被保险人未尽到管理义务为由拒绝理赔。但被保险人如果能证明即使耳标未丢失，该保险事故也难以避免（如该地区爆发大规模疫情，即使及时接种疫苗也无法完全防止感染），那么保险公司仍可能需要承担一定的理赔责任。

3. 被保险人是否及时采取补救措施

   • 如果被保险人在发现耳标丢失后，及时通知了保险公司，并积极采取补救措施（如尝试寻找耳标、补办耳标等），保险公司会根据具体情况考虑理赔。例如，被保险人在耳标丢失后立即通知保险公司，并在3日内补办了耳标，后续母猪发生保险事故，保险公司一般会正常理赔。
   • 若被保险人发现耳标丢失后未及时通知保险公司，也未采取任何补救措施，导致保险公司无法确认保险标的身份或无法及时调查事故原因，保险公司可能会拒绝理赔。比如，耳标丢失后数月被保险人才通知保险公司，此时母猪已死亡且无法确定死亡原因与保险责任是否相关，保险公司可能不予赔付。