结论前置：同一出租车公司车辆发生事故，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于事故责任归属、保险合同条款及是否存在免责情形。以下从不同角度展开分析：

1. 事故责任归属是核心判断依据

• 若事故由一方全责：全责方车辆的保险公司需按保险合同约定赔偿对方损失（交强险优先赔付，不足部分由商业三者险补充）。例如，A车追尾B车，A车全责，则A车的保险公司需赔偿B车的车辆维修费、医疗费等。
• 若双方均有责任：按责任比例分担赔偿。例如，A车与B车互有责任，则双方保险公司按交警认定的责任比例（如70%、30%）各自承担赔偿。
• 特殊情形：若事故系单方过错（如驾驶员故意碰撞、酒驾等），保险公司可能依据免责条款拒赔，此时需由责任方自行承担赔偿。

2. 保险合同条款的约束性

• 保险范围：需确认事故是否属于保险合同约定的赔偿范围。例如，商业车险通常覆盖车辆损失、第三者责任等，但若事故涉及违法改装车辆、超载等，保险公司可能拒赔。
• 免责条款：保险公司常在合同中约定免责情形（如无证驾驶、肇事逃逸等）。若事故符合免责条件，即使责任方投保，保险公司也可拒赔。

3. 同一公司车辆的特殊性

• 内部责任划分：若事故双方属同一出租车公司，公司内部可能通过协议或管理规定明确责任承担方式（如按比例分摊赔偿），但这不影响保险公司对外赔偿的义务。
• 保险利益冲突：若两车投保同一保险公司，保险公司仍需独立处理两车的索赔请求，不存在“内部抵消”情形。例如，A车赔B车、B车赔A车的损失需分别计算，不能直接冲抵。

4. 实务建议

• 及时报案：事故发生后，驾驶员应立即报警并通知保险公司，保留现场证据（如照片、视频）。
• 审核保险合同：确认保险条款是否覆盖事故情形，尤其注意免责条款。
• 协商或诉讼：若对赔偿金额或责任认定有争议，可通过协商、调解或诉讼解决，必要时可申请司法鉴定。

总结：同一出租车公司车辆发生事故，保险公司是否赔偿需结合事故责任、保险条款及免责情形综合判断。建议事故后第一时间联系保险公司并保留证据，如有疑问可直接向我咨询具体法律问题。