核心结论：当公安查到非法集资款被用于工程垫资时，追缴工作需从明确资金流向、收集证据、采取强制措施、追缴与返还程序以及特殊情况处理等多个环节入手，具体如下：

1. 明确资金流向与关联方

   • 调查资金流转路径：公安机关需通过银行流水、财务记录、合同协议等证据，全面梳理非法集资款的流转过程，确定资金最终流向的工程项目、施工单位、关联企业或个人。
   • 锁定责任主体：若工程垫资涉及多个主体（如发包方、承包方、实际施工人等），需明确各主体在资金使用中的角色，判断是否存在共同犯罪或帮助行为，为后续追缴责任划分提供依据。

2. 收集与固定证据

   • 书证与物证：收集工程合同、垫资协议、资金支付凭证、工程进度报告等书面材料，证明资金用途与工程垫资的关联性。
   • 电子数据：调取与资金流转相关的电子记录（如转账记录、聊天记录、邮件往来等），确保证据的完整性和真实性。
   • 证人证言：询问涉案人员、工程相关方或知情人员，获取关于资金使用情况的陈述，形成证据链。

3. 采取强制措施

   • 查封、扣押、冻结：对涉案的工程款项、工程设备、在建工程等财产，依法采取查封、扣押或冻结措施，防止资金被转移或隐匿。
   • 限制交易：若工程涉及不动产或重大资产，可向相关部门发出协助执行通知，限制其过户、抵押或处置，确保财产可控。

4. 追缴与返还程序

   • 追缴非法所得：根据《刑法》第六十四条，对非法集资的违法所得（包括用于工程垫资的部分）予以追缴，返还集资参与人。若工程垫资已转化为工程成果（如已完工的建筑），需评估其价值，折价返还。
   • 优先返还原则：在追缴过程中，应优先保障集资参与人的合法权益，按照比例返还其损失。若工程垫资涉及第三方善意取得（如施工单位已实际投入且不知情），需依法保护其合理权益，避免过度追缴。

5. 特殊情况处理

   • 工程已完工或部分完工：若工程已产生实际价值（如已投入使用），需通过评估、拍卖等方式变现，将所得款项纳入返还范围。若工程因资金问题停工，可协调相关部门或第三方接盘，最大限度减少损失。
   • 资金已混同：若非法集资款与合法资金混同使用于工程垫资，需通过审计或司法鉴定，区分合法与非法部分，仅追缴非法部分。
   • 涉案人员逃匿或死亡：若主要涉案人员逃匿或死亡，可依法追缴其名下财产或由其继承人承担返还责任。

温馨提示：非法集资案件的追缴工作涉及复杂的法律程序和证据要求，建议涉案方或集资参与人积极配合公安机关调查，及时提供线索和证据。若您有具体案件或疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况为您提供详细解答。