公司变更股权时，土地的处理需根据土地性质及变更方式分情况办理，核心结论如下：

1. 若土地为国有出让土地且随股权一并转让

   • 操作流程：
     （1）签订股权转让协议时，需明确土地使用权随股权一并转移，并在协议中约定土地权属变更的配合义务（如原股东协助办理过户）；
     （2）向工商部门办理股权变更登记时，同步提交土地使用权变更的说明文件（如股东会决议、土地权属证明等）；
     （3）若土地使用权需单独过户至新股东名下，需向自然资源部门申请办理土地使用权变更登记，提交材料包括：股权转让协议、公司章程修正案、工商变更登记证明、土地权属证书等。
     
   • 关键点：
     国有土地使用权随股权转让无需单独缴纳土地增值税，但需确保转让行为符合《公司法》及《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》中关于“股权转让不得导致土地使用权主体变更”的例外情形（如实际控制人未变化时可能被认定为“名义变更”）。

2. 若土地为集体建设用地或需单独处置

   • 操作流程：
     （1）集体建设用地需经集体经济组织同意，并签订土地流转协议；
     （2）若土地需从公司名下剥离，需先通过股东会决议将土地作价出资或转让给第三方，再办理股权变更；
     （3）涉及土地用途变更的（如工业用地转商业用地），需向自然资源部门申请调整规划并补缴土地出让金。
     
   • 关键点：
     集体土地流转需符合《土地管理法》中“本集体经济组织成员优先”等限制性规定，且流转后用途需符合规划要求。

3. 若土地存在抵押或查封等权利限制

   • 操作流程：
     （1）需先解除抵押或查封（如与债权人协商还款或提供其他担保）；
     （2）若无法解除，股权转让协议中需明确权利限制状态，并约定由原股东承担后续解押责任；
     （3）办理股权变更时，需向工商部门披露土地权利限制情况。
     
   • 关键点：
     权利限制未解除前，土地可能无法过户至新股东名下，但股权转让本身仍可完成，需在协议中明确风险分担机制。

风险提示：

• 股权变更后，新股东需继承原股东与土地相关的权利义务（如土地出让合同约定的开发期限、闲置土地处置等）；
  
• 若土地存在未缴清的土地出让金或税费，新股东可能需承担连带清偿责任，建议在股权转让前通过尽职调查核实土地权属及费用缴纳情况。
  

如有具体操作疑问或需进一步分析土地性质对股权变更的影响，可直接向我咨询。