房贷逾期两天存进去，银行通常会自动扣款，但具体是否扣款及扣款时间可能因银行规定和贷款合同条款而有所不同。以下是对这一问题的详细分析：

一、银行自动扣款机制

1. 自动扣款原理：在房贷还款过程中，银行通常会设置自动扣款功能，以确保贷款能够按时足额偿还。当还款日到来时，银行会自动从借款人指定的还款账户中划扣相应的款项。
2. 逾期后的处理：如果借款人在还款日未能按时足额还款，银行可能会在逾期后的一段时间内继续尝试扣款。这通常取决于银行的具体规定和贷款合同的条款。有些银行可能会在逾期后的第二天或第三天再次尝试扣款，而有些银行则可能要求借款人手动还款或采取其他措施。

二、可能影响自动扣款的因素

1. 银行规定：不同银行对于逾期还款后的自动扣款处理可能有所不同。有些银行可能更加灵活，允许在逾期后的一段时间内继续自动扣款；而有些银行则可能更加严格，要求借款人立即手动还款。
2. 贷款合同条款：贷款合同中通常会明确约定还款方式、还款时间以及逾期还款的处理方式。如果合同中规定了逾期后银行有权继续自动扣款，那么借款人逾期两天后存入款项，银行很可能会自动扣款。但如果合同中没有明确规定或规定较为模糊，则可能需要借款人与银行进行沟通确认。

三、建议与注意事项

1. 及时沟通：如果借款人发现自己可能无法按时还款，建议提前与银行进行沟通，说明情况并寻求解决方案。这有助于避免逾期还款带来的不良影响，如罚息、信用记录受损等。
2. 关注账户余额：借款人应密切关注自己的还款账户余额，确保在还款日前有足够的资金用于还款。如果账户余额不足，应及时存入足够款项，以避免逾期还款。
3. 了解合同条款：借款人在签订贷款合同时，应仔细阅读合同条款，了解还款方式、还款时间以及逾期还款的处理方式等关键信息。这有助于借款人在遇到问题时能够迅速找到解决方案。

如果房贷逾期两天后存入款项，银行是否会自动扣款取决于银行的具体规定和贷款合同的条款。为了确保还款顺利进行并避免不必要的麻烦，建议借款人提前与银行进行沟通并了解相关规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。