案件当事人对案件有疑点，确实可以通过书面说明的方式要求将其内容入卷宗，但能否最终入卷需视具体情况和程序要求而定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 当事人的权利基础
   根据《刑事诉讼法》及相关司法解释，当事人（包括被害人、被告人、犯罪嫌疑人等）在诉讼过程中享有陈述权、申辩权等基本权利。若当事人认为案件存在疑点（如证据矛盾、程序违法、事实认定不清等），有权通过书面形式向办案机关（如公安机关、检察院、法院）提交说明材料，要求补充或更正卷宗内容。这是当事人参与诉讼、维护自身合法权益的合法途径。

2. 书面说明的提交与审查程序

   • 提交方式：当事人需将书面说明直接提交至承办案件的办案机关（如向法院提交至审判庭，向检察院提交至案件管理部门），并注明“要求附卷”或类似表述。
     
   • 审查与处理：办案机关收到材料后，会依法审查其关联性、合法性及必要性。若材料与案件事实认定或法律适用直接相关，且符合卷宗整理规范（如格式、内容要求），通常会予以附卷；若材料与案件无关或存在瑕疵（如未签名、未按手印等），可能被退回或不予附卷。
     
   • 例外情形：若材料涉及国家秘密、个人隐私或可能影响案件公正审理的内容，办案机关可能依法保密或限制附卷范围。

3. 实践中的注意事项

   • 时效性：当事人应在诉讼程序允许的范围内提交材料（如侦查阶段向公安机关、审查起诉阶段向检察院、审判阶段向法院），逾期提交可能影响材料被采纳的概率。
     
   • 内容要求：书面说明需逻辑清晰、事实具体，避免情绪化表述或主观臆断。建议附上相关证据（如照片、录音、证人联系方式等）以增强说服力。
     
   • 救济途径：若办案机关拒绝附卷或未予回应，当事人可通过法定程序（如申请复议、提出异议、上诉等）进一步主张权利。例如，在审判阶段，当事人可要求法官在庭审中宣读其书面说明内容，或作为质证材料使用。

4. 法律依据参考

   • 《刑事诉讼法》第61条：当事人有权对与案件有关的问题提出陈述和申辩。
     
   • 《人民检察院刑事诉讼规则》第255条：当事人提交的书面材料，经审查符合要求的，应当附卷；不符合要求的，应当说明理由。
     
   • 《人民法院办理刑事案件第一审普通程序法庭调查规程》第12条：法庭应当将当事人提交的书面材料纳入庭审调查范围，并依法作出处理。

总结：当事人对案件疑点的书面说明有权要求入卷，但需通过合法程序提交，并接受办案机关的审查。若材料符合要求，通常会被附卷；若被拒绝，可通过法定途径救济。建议当事人在提交前咨询专业律师，确保材料内容规范、有效。如有具体案件问题，可直接向我咨询。