结论：京东白条申请了逾期再分期还款且已经生效的情况下，不再算作逾期，但需严格按照分期还款协议履行还款义务，否则可能再次产生逾期记录及相应法律后果。以下从法律背景、分期还款协议效力、后续义务及法律风险提示等角度展开分析：

一、法律背景：分期还款协议的效力

根据《民法典》第六百七十八条，借款人可以在还款期限届满前与贷款人协商分期还款。京东白条逾期后，用户与京东金融达成分期还款协议，本质是双方对原债务履行方式的变更，形成新的合同关系。协议生效后，原逾期状态终止，用户只需按新协议履行还款义务，不再被认定为逾期。

二、分期还款协议生效后的核心义务

1. 严格按期还款
   分期还款协议会明确约定每期还款金额、时间及方式。用户需确保每期足额还款，否则可能触发以下后果：

   • 再次逾期：未按时还款将构成对分期协议的违约，京东金融可能重新记录逾期信息，并报送征信系统。
     
   • 额外费用：协议可能约定逾期利息、违约金等，用户需承担额外经济负担。
     
   • 协议终止：严重违约时，京东金融有权解除分期协议，要求一次性偿还剩余全部债务。

2. 保留还款凭证
   建议通过京东金融APP、银行转账记录等方式留存还款证据，避免因系统故障或沟通问题导致还款争议。

三、法律风险提示与建议

1. 征信记录影响
   即使分期还款协议生效，原逾期记录仍可能已在征信系统中保留。根据《征信业管理条例》，不良信用记录自不良行为终止之日起保留5年。因此，分期还款期间需持续维护良好信用，避免新逾期记录叠加影响未来金融服务申请（如房贷、车贷等）。

2. 协议条款审查
   签订分期还款协议前，务必仔细阅读以下条款：

   • 利率与费用：确认分期利率是否合理，是否存在“服务费”“手续费”等隐形成本。
     
   • 违约责任：明确逾期还款的违约金计算方式及京东金融的追偿权利（如催收、诉讼等）。
     
   • 争议解决：协议是否约定仲裁或诉讼管辖地，避免后续维权成本过高。

3. 合理规划财务
   分期还款虽缓解了短期压力，但需评估自身还款能力，避免因分期期数过长导致总利息过高，或因收入波动再次违约。建议制定详细的财务计划，优先保障分期还款资金。

四、特殊情形处理

若因不可抗力（如重大疾病、失业等）导致无法按期还款，可依据《民法典》第五百九十条，及时与京东金融协商变更还款计划或申请延期，并提供相关证明材料。协商需以书面形式确认，避免口头约定引发纠纷。

总结：分期还款协议生效后，用户不再被认定为逾期，但需严格履行协议义务。如有任何疑问或需进一步法律支持，可直接向我咨询，我将结合具体协议条款及您的财务状况提供专业建议。