结论：亲子鉴定机构给母亲打电话说“孩子跟父亲有点问题”，通常意味着鉴定结果显示孩子与父亲在生物学上可能不存在亲子关系，或者存在某些不符合常规亲子关系的特征。不过，具体含义还需结合鉴定报告的详细内容以及鉴定机构的解释来确定。以下从几个可能的角度进行分析：
生物学亲子关系存疑：
- 最直接的理解是，鉴定结果显示孩子与父亲在DNA上不完全匹配，即生物学上的亲子关系可能不成立。这可能是由于多种原因造成的，如非亲生、基因突变等。在这种情况下，鉴定机构通常会建议进一步确认或解释原因。
鉴定过程中的异常情况：
- 另一种可能是鉴定过程中出现了某些异常情况，如样本污染、技术故障等，导致鉴定结果出现偏差。虽然这种情况相对较少，但也不能完全排除。如果鉴定机构怀疑存在此类问题，他们可能会建议重新进行鉴定或提供其他证据来支持或反驳鉴定结果。
鉴定报告的表述问题：
- 有时候，鉴定报告的表述可能不够准确或清晰，导致接收者产生误解。例如，鉴定机构可能只是想说“孩子与父亲的亲子关系需要进一步确认”，但表述为“有点问题”就可能引发不必要的担忧。因此，在收到此类通知时，母亲应尽快与鉴定机构沟通，了解具体含义和后续步骤。
法律建议：
- 保持冷静，及时沟通：首先，母亲应保持冷静，不要过度恐慌或做出过激反应。然后，尽快与鉴定机构联系，了解鉴定结果的具体含义和后续步骤。
- 考虑重新鉴定：如果母亲对鉴定结果有疑问或担忧，可以考虑要求重新进行鉴定。在选择鉴定机构时，应确保其具有合法资质和良好信誉。
- 法律咨询：如果鉴定结果对家庭关系产生了重大影响，或者涉及法律纠纷（如抚养权、继承权等），母亲应考虑咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果。
可能后果：
- 如果鉴定结果确认孩子与父亲不存在生物学亲子关系，这可能会对家庭关系产生深远影响，包括但不限于抚养权、继承权、情感关系等。因此，在处理此类问题时，应谨慎行事，并考虑所有可能的后果。
总之，面对亲子鉴定机构给出的“孩子跟父亲有点问题”的通知，母亲应保持冷静，及时与鉴定机构沟通，了解具体含义和后续步骤。如有需要，还可以寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。