当公司股东之间的协议与公司章程发生冲突时，通常遵循以下原则进行处理：

1. 冲突处理的一般原则：

   • 优先适用公司章程：公司章程是公司设立时必须制定的基本文件，它规定了公司的组织结构、运营方式、股东权利与义务等核心内容，具有对内约束力和对外公示性。在股东协议与公司章程发生冲突时，一般优先适用公司章程的规定。这是因为公司章程是公司治理的“宪法”，其效力通常高于股东之间的协议。
   • 股东协议补充或修改公司章程：如果股东协议中的某些条款是对公司章程的补充或修改，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，也不损害公司、其他股东或债权人的利益，那么这些条款可以在公司章程允许的范围内得到执行。但这种情况下，通常需要经过公司股东会的决议来修改公司章程，以使股东协议的内容正式成为公司章程的一部分。

2. 具体冲突情形及处理：

   • 股东权利义务冲突：如果股东协议中关于股东权利义务的规定与公司章程相冲突，且无法通过协商达成一致，那么应优先适用公司章程的规定。因为公司章程是股东共同制定并遵守的“游戏规则”，它对于所有股东都具有平等的约束力。
   • 公司治理结构冲突：若股东协议试图改变公司章程中规定的公司治理结构（如董事会、监事会的组成、职权等），这种冲突通常不会被认可。因为公司治理结构是公司稳定运营的基础，其变更需要经过严格的法律程序和股东会的决议。
   • 股权转让限制冲突：公司章程可能对股权转让设置了一定的限制条件（如优先购买权、转让程序等）。如果股东协议中的股权转让条款与公司章程相冲突，且这些条款试图放宽或取消公司章程中的限制，那么这些条款很可能不会被法院支持。因为公司章程中的股权转让限制是为了保护公司和其他股东的利益而设置的。

3. 法律后果与建议：

   • 法律后果：如果股东协议与公司章程发生冲突，且无法通过协商解决，那么可能会引发股东之间的纠纷，甚至可能导致公司治理的混乱。在极端情况下，这种冲突还可能影响公司的正常运营和股东的投资回报。
   • 建议：为了避免股东协议与公司章程之间的冲突，股东在制定协议时应仔细审查公司章程的内容，确保协议条款与公司章程不冲突。如果确实需要修改公司章程以适应股东协议的内容，那么应按照公司章程规定的程序进行修改，并确保修改后的内容合法、合规且不损害公司、其他股东或债权人的利益。

举例说明：假设某公司的公司章程规定，股东转让股权时，其他股东享有优先购买权。但股东之间签订的协议却规定，股东可以自由转让股权，不受其他股东优先购买权的限制。在这种情况下，如果股东试图依据协议转让股权而忽略公司章程中的优先购买权规定，那么其他股东可以依据公司章程的规定主张优先购买权，并可能引发法律纠纷。

总结来说，股东协议与公司章程之间的冲突是一个复杂而敏感的问题。在处理这类冲突时，应优先适用公司章程的规定，并确保股东协议的内容不与公司章程相冲突。如果确实需要修改公司章程以适应股东协议的内容，那么应按照法律程序进行修改，并确保修改后的内容合法、合规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。